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◆ HPLC
如果合成的寡核苷酸應(yīng)用于,定向誘變或定量的基因探測(cè),PCR實(shí)驗(yàn)室,那么對(duì)其純度要求較高。脫鹽或OPC純化的寡核苷酸可能達(dá)不到要求,則HPLC純化被廣泛地用于這個(gè)目的。作為一種純化樹脂,陰離子交換樹脂或反向樹脂被用于寡核苷酸純化。陰離子交換樹脂的HPLC通常顯示95-98%純化效率,宿遷pcr,對(duì)于達(dá)到35-mer寡核苷酸的純化是充分的。反向樹脂化的HPLC與陰離子交換樹脂的HPLC呈現(xiàn)相似的純化效率。因?yàn)镠PLC的純化效率很大程度依靠寡核苷酸的長(zhǎng)度,用HPLC法不能有效純化長(zhǎng)的寡核苷酸(大于35-mer)。
◆ PAGE
對(duì)于長(zhǎng)的寡核苷酸的純化(50-100mer),我們推薦PAGE純化法,它使用交連的聚酰胺凝膠(電泳)作為純化基質(zhì)。盡管PAGE顯示出高的純化效率(>98%),但它在額外的步驟方面有一些缺陷,比如在PAGE之后需要提取和脫鹽,繼而將導(dǎo)致純化產(chǎn)率的下降。
20.Primer設(shè)計(jì)的基本原則是什么?
答:引物設(shè)計(jì)的下列原則供您參考。
◆引物長(zhǎng)度一般在18-35mer。
◆G-C含量控制在40-60%左右。
◆避免近3"端有酶切位點(diǎn)或發(fā)夾結(jié)構(gòu)。
◆如果可能避免在3"端5個(gè)堿基有2個(gè)以上的G或C。
◆如果可能避免在3"端1個(gè)堿基為A。
◆避免連續(xù)相同堿基的出現(xiàn),特別是要避免GGGG或更多G出現(xiàn)。
◆退火溫度Tm控制在 58-60C 左右。
◆如果是設(shè)計(jì)點(diǎn)突變引物,突變點(diǎn)應(yīng)盡可能在引物的中間。
21.為什么引物的OD260/OD280小于1.5 ?
答:引物應(yīng)該全是DNA,但是OD260/OD280的比值為什么那么低,怎么會(huì)有蛋白質(zhì)污染?引物化學(xué)合成,哪里有機(jī)會(huì)污染到蛋白質(zhì)?需要指出的是OD260/OD280的比值不能用來(lái)衡量引物的純度。OD260/OD280的比值過低一般是由于引物中C/T 的含量比較高所致。下表是一個(gè)20mer 同聚體引物的OD260/OD280的比值,清楚表明OD260/OD280的比值與引物的堿基組成密切相關(guān)。
轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
轉(zhuǎn)錄組即某個(gè)物種或特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下產(chǎn)生的RNA的總和,是研究細(xì)胞表型和功能的一個(gè)重要手段。與基因組不同的是,轉(zhuǎn)錄組的定義中包含了時(shí)間和空間的限定。同一細(xì)胞在不同的生長(zhǎng)時(shí)期及生長(zhǎng)環(huán)境下,基因檢測(cè)怎么做,其基因表達(dá)情況是不相同的。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(RNA-Seq)是指利用第二代高通量測(cè)序技術(shù)進(jìn)行cDNA測(cè)序,快速地獲取某一物種特定qi官或組織在某一狀態(tài)下的轉(zhuǎn)錄本。相對(duì)于傳統(tǒng)芯片而言,RNA-Seq無(wú)需預(yù)先設(shè)計(jì)探針,即可對(duì)物種的細(xì)胞類型的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行檢測(cè),dna檢測(cè),能夠提供較的數(shù)字化信號(hào),更高的檢測(cè)通量以及更廣泛的檢測(cè)范圍,是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復(fù)雜性的良好工具。
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