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3.引物的OD數(shù)如何定量?
答:引物合成引物OD數(shù)是這樣測(cè)定的:用紫外分光光度計(jì),波長(zhǎng)260nm,石英比色杯,光程為1厘米,測(cè)定溶液的光密度。測(cè)定時(shí)溶液的光密度好稀釋到0.2-1.0之間。DNA干粉用一定體積的水充分振蕩溶解以后,用1ml水稀釋測(cè)OD值。需要根據(jù)稀釋倍數(shù)換算出母液的OD值。
4.需要什么級(jí)別的引物?
答:引物常用的純化方式脫鹽、BioRP / OPC純化、PAGE純化、HPLC純化。根據(jù)實(shí)驗(yàn)需要,確定訂購(gòu)引物的純度級(jí)別。
動(dòng)物組織細(xì)胞基因組DNA提取
操作步驟
1. 取新鮮或冰凍動(dòng)物組織塊0.1g(0.5cm3),盡量剪碎。置于玻璃勻漿器中,加入1ml的細(xì)胞裂解緩沖液勻漿至不見(jiàn)組織塊,轉(zhuǎn)入1.5ml 離心管中,加入蛋白酶K
(500ug/ml)20μl,混勻。在65℃恒溫水浴鍋中水浴30min,也可轉(zhuǎn)入37℃水浴12~24h,間歇振蕩離心管數(shù)次。于臺(tái)式離心機(jī)以12000 rpm離心5min,取上清液入另
一離心管中。
2.加2倍體積異,倒轉(zhuǎn)混勻后,可以看見(jiàn)絲狀物,用100ul 吸頭挑出,涼干,用200ul TE 重新溶解。(可進(jìn)行PCR反應(yīng)等,需要進(jìn)一步純化的按下列步驟進(jìn)行)
3.加等量的酚??振蕩混勻,離心12000 rpm,5min。
4.取上層溶液至另一管,加入等體積的?,振蕩混勻,離心12000 rpm,5min。
5. 取上層溶液至另一管,加入1/2體積的7.5mol/L氨加入2倍體積的無(wú)水乙醇,混勻后室溫沉淀2min ,離心12000 rpm ,10min。
6.小心倒掉上清液,將離心管倒置于吸水紙上,將附于管壁的殘余液滴除掉。
7.用1ml 70%乙醇洗滌沉淀物1次,四川pcr,離心12000 rpm , 5min。
8.小心倒掉上清液,將離心管倒置于吸水紙上,將附于管壁的殘余液滴除掉,室溫干燥。
9.加200ul TE重新溶解沉淀物,然后置于4℃或?C20℃保存?zhèn)溆谩?/p>
10.吸取適量樣品于GeneQuant上檢測(cè)濃度和純度。
22.同樣的OD用PAGE檢測(cè),EB染色為什么深淺不一?
答:通??梢杂肊B染色的方法來(lái)判斷雙鏈DNA的量(如質(zhì)粒DNA),因?yàn)镋B可以嵌合到雙鏈DNA中。而合成的單鏈DNA,由于堿基組成不同,形成二級(jí)結(jié)構(gòu)的可能性不同,EB的染色程度也會(huì)有差異,比如Oligo(dT)等不形成二級(jí)結(jié)構(gòu),pcr實(shí)驗(yàn)室,EB染色效果就非常差。所以不要用EB染色的方法來(lái)定量,而用紫外分光光度計(jì)檢測(cè)。同樣道理,用EB染色來(lái)照片不適合所有引物。
23.引物不純會(huì)有什么后果?
答:引物不純可能會(huì)導(dǎo)致:1)非特異性擴(kuò)增;2)無(wú)法用預(yù)先設(shè)計(jì)在引物5′端酶切位點(diǎn)的酶切開,特別是沒(méi)有保護(hù)堿基的引物;3) 用于測(cè)序出現(xiàn)雙峰或亂峰。解決辦法重新合成或重新純化。
24.已經(jīng)溶解的引物,為什么原先使用正常,而過(guò)一段時(shí)間再使用就不好了?
答:如果溶解引物的水PH過(guò)低或污染了菌或核酸酶,會(huì)使引物降解。使用時(shí)沒(méi)有充分解凍混合,基因檢測(cè)多少錢,液體不均勻也可能會(huì)造成引物加入量不準(zhǔn)確。建議分裝引物,dna檢測(cè),避免反復(fù)凍溶。建議使用10mMT ris pH7.5緩沖液溶解引物,因?yàn)橛行┱麴s水的pH值比較低(pH4-5), 引物在這種條件下不穩(wěn)定。還有一種可能性是引物沒(méi)有問(wèn)題,而是PCR使用材料特別是模板的質(zhì)量與先前使用的不完全一致。
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