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基因組甲l基化水平(Methyl ati on Content)的分析:
1.高l效液相色譜(Hi gh-performanceLi qui dChromatography, HPLC)HPLC是- -種比較傳統(tǒng)的方法,是根據DNA或蛋白分子量和構象的不同而使其加以分離。由于在動態(tài)相和靜態(tài)相下分子的光吸收度并不相同而加以定量。隨著系統(tǒng)的壓強的增加,其分辨率增l高。故而能夠定量測定基因組整體水平DNA甲l基化水平。該方法由Ruo等1980年首l次報道。過程是將DNA樣品先經鹽酸或氫l氟酸水解成堿基,水解產物通過色譜柱,pcr引物設計,結果與標準品比較,用紫外光測定吸收峰值及其量,計算5 mC/(5mC 5C)的積分面積就得到基因組整體的甲l基化水平。這是一種檢測DNA甲l基化水平的標準方法。
2.高l效毛細管電泳法(Hi gh-per formance Capillary Electrophoresis, HPCE)這是一-種利用窄孔熔融石英毛細管來從復合物中分離不同化學組分的技術。其基礎是在強電場下不同分子的由于其所帶電荷,PCR實驗室,大小,結構以及疏水性等不同而相互分開。用HIPCE方法處理DNA水解產物來確定5mC水平,簡便,經濟且敏感性高。
全轉錄組測序
全轉錄組是指特定組織或細胞在特定狀態(tài)下所有轉錄產物的總和,包括mRNA和各種noncoding RNA。我們知道生物體本身的轉錄過程是一個動態(tài)變化且十分復雜的分子作用網絡,如果只是對某個單一RNA分子的研究,有時并不能準確的發(fā)現(xiàn)分子作用機制。而競爭性內源RNA(ceRNA)理論闡述了一種全新的轉錄調控模式:ceRNA(包括lncRNA、circRNA、mRNA、假基因等)分子能夠通過miRNA應答元件(microRNA Respe Element, MRE)競爭性地結合相同的miRNA來調節(jié)彼此的表達水平。舉個例子:miRNA會導致基因沉默現(xiàn)象發(fā)生,而如果lncRNA競爭性結合了miRNA,熒光定量pcr,從而影響了miRNA基因沉默功能實現(xiàn)。
ceRNA是目前轉錄調控領域的熱點內容之一,通過全轉錄組研究能夠系統(tǒng)性的闡述ceRNA的分子作用機制。目前對全轉錄組簡便的方法就是構建2個測序文庫分別進行測序。標準的生物信息學分析能夠得到mRNA、lncRNA、circRNA、miRNA各自的研究內容,靶向調控網絡、ceRNA網絡、共表達網絡分析可以將這幾種RNA聯(lián)合起來分析,從而發(fā)現(xiàn)新的調控網絡模型。去除rRNA的鏈特異性文庫,含有的RNA信息含量十分豐富,通過測序和生物信息學分析能夠得到mRNA、lncRNA、circRNA的鑒定及注釋信息。不過該文庫構建時會進行片段化選擇從而濾掉了small RNA的信息,所以需要另外再構建一個small RNA文庫,進行測序分析后可以得到miRNA和其他small RNA的鑒定及注釋信息。全轉錄組測序方案路線圖如下所示:
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