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miRNA測(cè)序
microRNA(miRNA)是一種大小約21—23個(gè)堿基的單鏈小分子RNA,是由具有發(fā)夾結(jié)構(gòu)的約70-90個(gè)堿基大小的單鏈RNA前體經(jīng)過Dicer酶加工后生成,不同于siRNA(雙鏈)但是和siRNA密切相關(guān)。PCR的電泳檢測(cè):如在反應(yīng)管中加有石蠟油,需用100ul進(jìn)行抽提反應(yīng)混合液,以除去石蠟油。microRNA通過和靶基因mRNA堿基配對(duì)引導(dǎo)沉默復(fù)合體(RISC)降解mRNA或抑制mRNA的翻譯,從而在轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)控蛋白表達(dá)(新發(fā)現(xiàn)miRNA也能在轉(zhuǎn)錄水平調(diào)控基因表達(dá))。miRNA在物種進(jìn)化中相當(dāng)保守,在動(dòng)物、植物和真菌等中發(fā)現(xiàn)的miRNA表達(dá)均有嚴(yán)格的組織特異性和時(shí)序性。miRNA在細(xì)胞生長和發(fā)育過程中起多種作用,包括調(diào)控發(fā)育、分化、凋亡和增殖等。
目前研究miRNA的方法主要是realtime-PCR、生物芯片技術(shù)以及第二代測(cè)序技術(shù)。染色質(zhì)免l疫共沉淀技術(shù)(ChIP)基于體內(nèi)分析而發(fā)展的染色質(zhì)免l疫沉淀分析Chromatinimmunoprecipitationassaykit,ChIP)技術(shù)可以真實(shí)、完整地反映結(jié)合在DNA序列上的調(diào)控蛋白。基于第二代測(cè)序技術(shù)的miRNA測(cè)序,可以一次獲得數(shù)百萬條miRNA序列,能夠快速鑒定出不同組織、不同發(fā)育階段、不同疾病狀態(tài)下已知和未知的miRNA及其表達(dá)差異,為研究miRNA對(duì)細(xì)胞進(jìn)程的作用及其生物學(xué)影響提供了有力工具。
在玻璃燒杯中注入去離子水,加入DEPC使其終濃度為0.05%~0.1%(DEPC-H2O)。(DEPC二焦碳酸酯為活性很強(qiáng)的物,須在通風(fēng)櫥中小心使用)
將待處理的塑料制品放入一個(gè)可以高溫滅菌的容器中,注入DEPC-H2O,使塑料制品的所有部分都浸泡到溶液中,在通風(fēng)柜中37℃ 或室溫下處理過夜。
將DEPC-H2O小心倒入廢液瓶中,將裝有DEPC- H2O 處理過的塑料制品的容器以鋁箔封口,高溫高壓蒸汽滅菌至少30分鐘。
滅菌塑料制品烘烤干燥,置潔凈處備用。
玻璃和金屬物品250 ℃烘烤3小時(shí)以上。
3.引物的OD數(shù)如何定量?
答:引物合成引物OD數(shù)是這樣測(cè)定的:用紫外分光光度計(jì),波長260nm,石英比色杯,光程為1厘米,測(cè)定溶液的光密度。凝膠掃描及圖像分析(1)圖像掃描:凝膠染色后采用Imagescanner以300dpi,16-bit模式(65536灰階)進(jìn)行掃描。測(cè)定時(shí)溶液的光密度好稀釋到0.2-1.0之間。DNA干粉用一定體積的水充分振蕩溶解以后,用1ml水稀釋測(cè)OD值。需要根據(jù)稀釋倍數(shù)換算出母液的OD值。
4.需要什么級(jí)別的引物?
答:引物常用的純化方式脫鹽、BioRP / OPC純化、PAGE純化、HPLC純化。根據(jù)實(shí)驗(yàn)需要,確定訂購引物的純度級(jí)別。