PCR法不僅僅局限于分子生物學(xué)，還因其簡便、迅速等特點(diǎn)被廣泛應(yīng)用于醫(yī)學(xué)、法醫(yī)學(xué)、食品、環(huán)境衛(wèi)生檢驗(yàn)、動植物檢驗(yàn)等其它領(lǐng)域。Taq DNA聚合酶是PCR法普遍使用的聚合酶，但其具有如下局限性。

1. 可信度 (Fidelity)：通常Taq DNA Polymerase的Fidelity并不高，PCR反應(yīng)有時(shí)會出現(xiàn)錯配 (Misincorporation) 現(xiàn)象，因而PCR克1隆、變異導(dǎo)入等實(shí)驗(yàn)中，需加以注意。

2. 擴(kuò)增的DNA長度：使用Taq DNA Polymerase進(jìn)行PCR擴(kuò)增時(shí)，通常可擴(kuò)增幾kb的DNA，超過10 kb則比較困難。這就給利用PCR進(jìn)行Mapping等Genome解析帶來麻煩。

3. 擴(kuò)增量：使用Taq DNA Polymerase進(jìn)行PCR產(chǎn)物克1隆及食品、環(huán)境衛(wèi)生檢驗(yàn)等時(shí)，擴(kuò)增量常常達(dá)不到要求。為解決以上難題，Takara在對Polymerase、Buffer及反應(yīng)條件等進(jìn)行深入研究的基礎(chǔ)上，開發(fā)了LA PCR (Long and Accurate PCR) 技術(shù)，運(yùn)用此技術(shù)可大量正確地?cái)U(kuò)增長達(dá)40 kb 的DNA部分片段。LA PCR技術(shù)擴(kuò)展了PCR的應(yīng)用范圍，可在Genome解析、基因診斷、長片段 DNA的克1隆及變異導(dǎo)入等方面發(fā)揮優(yōu)勢。

隨機(jī)引物擴(kuò)增技術(shù)(arbitrary primedPCR, AP- PCR)

AP-PCR技術(shù)通過隨意設(shè)計(jì)或選擇一個(gè)非特異性引物.在PCR反應(yīng)體系中.首先在不嚴(yán)格條件下使引物與模板中許多序列通過錯配而復(fù)性。如果在兩條單鏈上相距一定距離有反向復(fù)性引物存在,則可經(jīng)Taq酶的作用使引物延伸而發(fā)生DNA部分片段的擴(kuò)增。經(jīng)一至數(shù)輪不嚴(yán)格條件下的PCR循環(huán)后，再于嚴(yán)格條件下進(jìn)行擴(kuò)增。擴(kuò)增的產(chǎn)物經(jīng)DNA測序凝膠電泳分離后.經(jīng)放1射性自顯影或熒光顯示即可得到DNA指紋圖。AP-PCR用于腫1瘤的抑制基因、癌基因的分離;菌1種、菌株及不同物種的鑒定;遺傳作圖;不同分化程度或某些不同狀態(tài)下的組織的基因表達(dá)差異等方面的研究。

競爭性PCR(competitive PCR, c-PCR技術(shù)

c-PCR技術(shù)是競爭cDNA模板與目的cDNA同時(shí)擴(kuò)增.使用同樣的引物,但一經(jīng)擴(kuò)增后。能從這些目的cDNA區(qū)別開來。通常使用突變性競爭cDNA模板.其序列與目的cDNA序列相同.不過模板中僅有一個(gè)新內(nèi)切位點(diǎn)或缺少內(nèi)切位點(diǎn)突變性的cDNA模板可用適當(dāng)?shù)膬?nèi)切酶水解,并用分光計(jì)測定其濃度。cDNA目的序列和競爭模板相對應(yīng)的含量.可用澳化乙錠染色.電泳膠直接掃描進(jìn)行測定或摻入放1射性同位素標(biāo)記的方法測定。競爭模板開始時(shí)的濃度是已知的.則cDNA目的序列的zui初濃度就能測定。這種方法能準(zhǔn)確測定mRNA中cDNA靶序列.可用于幾個(gè)到10個(gè)細(xì)胞中mRNA的定量。

普通的PCR儀

把一次PCR擴(kuò)增只能運(yùn)行一個(gè)特定退火溫度的PCR儀，叫傳統(tǒng)的PCR儀，也叫普通PCR儀。

它是由主機(jī)，加熱模塊，PCR管，熱蓋，控制軟件組成。根據(jù)DNA部分片段高溫解鏈，降溫配對聚合原理，通過循環(huán)改變加熱模塊的溫度，微量不易于分辨的的DNA部分片段進(jìn)行擴(kuò)增成大量的DNA部分片段，從而對其進(jìn)行分析鑒定。根據(jù)需要可結(jié)合電泳儀，水平電泳槽，一起應(yīng)用。如果要做不同的退火溫度需要多次運(yùn)行。主要是做簡單的，對目的基因退火溫度的擴(kuò)增。

該儀器主要應(yīng)用于醫(yī)學(xué)臨床檢驗(yàn)，食品檢測，科研機(jī)構(gòu)，高等院校教學(xué)對遺傳變異，基因表達(dá)等進(jìn)行研究。