PCR法不僅僅局限于分子生物學，還因其簡便、迅速等特點被廣泛應用于醫(yī)學、法醫(yī)學、食品、環(huán)境衛(wèi)生檢驗、動植物檢驗等其它領域。Taq DNA聚合酶是PCR法普遍使用的聚合酶，但其具有如下局限性。

1. 可信度 (Fidelity)：通常Taq DNA Polymerase的Fidelity并不高，PCR反應有時會出現錯配 (Misincorporation) 現象，因而PCR克1隆、變異導入等實驗中，需加以注意。

2. 擴增的DNA長度：使用Taq DNA Polymerase進行PCR擴增時，通?？蓴U增幾kb的DNA，超過10 kb則比較困難。這就給利用PCR進行Mapping等Genome解析帶來麻煩。

3. 擴增量：使用Taq DNA Polymerase進行PCR產物克1隆及食品、環(huán)境衛(wèi)生檢驗等時，擴增量常常達不到要求。為解決以上難題，Takara在對Polymerase、Buffer及反應條件等進行深入研究的基礎上，開發(fā)了LA PCR (Long and Accurate PCR) 技術，運用此技術可大量正確地擴增長達40 kb 的DNA部分片段。LA PCR技術擴展了PCR的應用范圍，可在Genome解析、基因診斷、長片段 DNA的克1隆及變異導入等方面發(fā)揮優(yōu)勢。

隨機引物擴增技術(arbitrary primedPCR, AP- PCR)

AP-PCR技術通過隨意設計或選擇一個非特異性引物.在PCR反應體系中.首先在不嚴格條件下使引物與模板中許多序列通過錯配而復性。如果在兩條單鏈上相距一定距離有反向復性引物存在,則可經Taq酶的作用使引物延伸而發(fā)生DNA部分片段的擴增。經一至數輪不嚴格條件下的PCR循環(huán)后，再于嚴格條件下進行擴增。擴增的產物經DNA測序凝膠電泳分離后.經放1射性自顯影或熒光顯示即可得到DNA指紋圖。AP-PCR用于腫1瘤的抑制基因、癌基因的分離;菌1種、菌株及不同物種的鑒定;遺傳作圖;不同分化程度或某些不同狀態(tài)下的組織的基因表達差異等方面的研究。

競爭性PCR(competitive PCR, c-PCR技術

c-PCR技術是競爭cDNA模板與目的cDNA同時擴增.使用同樣的引物,但一經擴增后。能從這些目的cDNA區(qū)別開來。通常使用突變性競爭cDNA模板.其序列與目的cDNA序列相同.不過模板中僅有一個新內切位點或缺少內切位點突變性的cDNA模板可用適當的內切酶水解,并用分光計測定其濃度。cDNA目的序列和競爭模板相對應的含量.可用澳化乙錠染色.電泳膠直接掃描進行測定或摻入放1射性同位素標記的方法測定。競爭模板開始時的濃度是已知的.則cDNA目的序列的zui初濃度就能測定。這種方法能準確測定mRNA中cDNA靶序列.可用于幾個到10個細胞中mRNA的定量。

普通的PCR儀

把一次PCR擴增只能運行一個特定退火溫度的PCR儀，叫傳統(tǒng)的PCR儀，也叫普通PCR儀。

它是由主機，加熱模塊，PCR管，熱蓋，控制軟件組成。根據DNA部分片段高溫解鏈，降溫配對聚合原理，通過循環(huán)改變加熱模塊的溫度，微量不易于分辨的的DNA部分片段進行擴增成大量的DNA部分片段，從而對其進行分析鑒定。根據需要可結合電泳儀，水平電泳槽，一起應用。如果要做不同的退火溫度需要多次運行。主要是做簡單的，對目的基因退火溫度的擴增。

該儀器主要應用于醫(yī)學臨床檢驗，食品檢測，科研機構，高等院校教學對遺傳變異，基因表達等進行研究。