間接標(biāo)記的方法中應(yīng)用了報(bào)告分子標(biāo)記的探針，報(bào)告分子通過(guò)親和酶促的方法進(jìn)行顯色。常用的報(bào)告分子如地高6辛，生物素。結(jié)合地高6辛抗6體或鏈霉親和素上耦聯(lián)的酶系統(tǒng)進(jìn)行間接的底物反應(yīng)檢測(cè)。地高6辛標(biāo)記核酸的歷史可追溯到1987年，由于地高6辛是洋地黃的花和葉中特有的成分，檢測(cè)時(shí)使用的地高6辛抗6體不會(huì)結(jié)合于其他的生物分子。這是相較于生物素標(biāo)記系統(tǒng)的優(yōu)勢(shì)。地高6辛抗6體上可耦聯(lián)堿性磷酸酶、過(guò)氧化酶，及熒光分子和膠體金等，根據(jù)不同的應(yīng)用需求，呈現(xiàn)高信噪比的核酸檢測(cè)結(jié)果。但需注意，由于引入了免6疫檢測(cè)反應(yīng)，在放大檢測(cè)靈敏度的同時(shí)，應(yīng)注意樣品內(nèi)源性酶的滅活，以降低檢測(cè)背景。

通過(guò)不同標(biāo)記方法的聯(lián)合應(yīng)用，還可在同一樣本中實(shí)現(xiàn)染色體不同區(qū)域或細(xì)胞樣本中不同RNA序列的多重檢測(cè)。

原位雜交 (ISH) 是用于定位固定組織和細(xì)胞中特定核酸靶標(biāo)的強(qiáng)大技術(shù)，能夠獲得與基因表達(dá)和遺傳位點(diǎn)相關(guān)的時(shí)間和空間信息。 雖然ISH的基本工作流程與印跡雜交近似，即核酸探針被合成、標(biāo)記、純化和特異性靶標(biāo)退火，但其不同之處在于前者可通過(guò)可視化顯示組織內(nèi)的結(jié)果來(lái)獲得更多信息。 如今有兩種基本方法來(lái)實(shí)現(xiàn)可視化顯示原位RNA和DNA靶標(biāo)，即熒光 (FISH) 和顯色 (CISH) 檢測(cè)。 每種檢測(cè)方法本身的特點(diǎn)（見(jiàn)下表）使得FISH和CISH適用于截然不同的應(yīng)用。 雖然兩種方法均使用標(biāo)記的、與樣本雜交的靶標(biāo)特異性探針，但每種方法用于可視化顯示樣本的儀器不同。 這里我們將強(qiáng)調(diào)每種方法的不同之處和各自的優(yōu)勢(shì)。

武漢思特進(jìn)科技發(fā)展有限公司成立于2007年，是一家以實(shí)驗(yàn)技術(shù)研發(fā)、實(shí)驗(yàn)產(chǎn)品研發(fā)、日化產(chǎn)品研發(fā)、實(shí)驗(yàn)項(xiàng)目承接為一體的高新技術(shù)公司；公司實(shí)驗(yàn)中心有分子生物學(xué)平臺(tái)、細(xì)胞平臺(tái)、光鏡平臺(tái)、植物組培平臺(tái)、原核蛋白表達(dá)平臺(tái)、日化產(chǎn)品生產(chǎn)平臺(tái)；可以開(kāi)展各類(lèi)動(dòng)、植物、細(xì)菌、細(xì)胞等生物實(shí)驗(yàn)。

在條件都得到滿(mǎn)足的情況下，雜交的成敗就取決于保溫時(shí)間。時(shí)間短了，雜交反應(yīng)不完成；時(shí)間長(zhǎng)了也無(wú)益，會(huì)引起非特異結(jié)合增多。一般雜交反應(yīng)要進(jìn)行20h左右。1966年Britten和Kohne推薦用Cot =值來(lái)計(jì)算雜交反應(yīng)時(shí)間。Cot 值實(shí)際上是雜交液中單鏈起始濃度（Co）和 反應(yīng)時(shí)間（t）的乘積。實(shí)驗(yàn)表明Cot =100時(shí)，雜交反應(yīng)基本完成。Cot=0，基本上沒(méi)有雜交。例如在液相雜交中未標(biāo)記的DNA 400μg/ml（按單股DNA每微克 紫外吸收值為0.024計(jì)算，總的吸收值為 9.6），如果反應(yīng)時(shí)間為21h，那么對(duì)于未標(biāo)記的DNA來(lái)說(shuō)，Cot =9.6/21 =100.8,，雜交完成了。對(duì)標(biāo)記DN A（濃度為0.1μg/ml）來(lái)說(shuō)Cot值為0.05，這就充分排除了標(biāo)記DNA的自我復(fù)性。Tm值25℃時(shí)雜交zui佳，所以首先要根據(jù)公式（4）計(jì)算雜交體Tm 值。由此式可見(jiàn)，通過(guò)調(diào)節(jié)鹽濃度、甲酰胺濃度和雜交溫度來(lái)控制所需的嚴(yán)格性。



根據(jù)不同的雜交實(shí)驗(yàn)要求，應(yīng)選擇不同的核酸探針。在大多數(shù)情況下，可以選擇克0隆的DNA或cDNA雙鏈探針。但是在有些情況下，必須選用其它類(lèi)型的探針如寡核苷酸探針和RNA探針。例如，在檢測(cè)靶序列上的單個(gè)堿基改變時(shí)應(yīng)選用寡核苷酸探針，在檢測(cè)單鏈靶序列時(shí)應(yīng)選用與其互補(bǔ)的DNA單鏈探針（通過(guò)克0隆人M13噬菌體DNA獲得）或RNA探針，寡核苷酸探針也可。長(zhǎng)的雙鏈DNA探針特異性較強(qiáng)，適宜檢測(cè)復(fù)雜的靶核苷酸序列和病原體 ，但不適宜于組織原位雜交，因?yàn)樗灰淄高^(guò)細(xì)胞膜進(jìn)入胞內(nèi)或核內(nèi)。在這種情況下，寡核苷酸探針和短的PCR標(biāo)記探針（80～150bp）具有較大的優(yōu)越性。