高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定的程序如下:

(一)企業(yè)自我評價及申請

企業(yè)登錄"高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作網(wǎng)"，對照本辦法第十條規(guī)定條件，進(jìn)行自我評價。認(rèn)為符合認(rèn)定條件的，企業(yè)可向認(rèn)定機(jī)構(gòu)提出認(rèn)定申請。

(二)提交下列申請材料

1. 高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定申請書;

2. 企業(yè)營業(yè)執(zhí)照副本、稅務(wù)登記證(復(fù)印件);

3. 知識產(chǎn)權(quán)證書(獨(dú)占許可合同)、生產(chǎn)批文，新產(chǎn)品或新技術(shù)證明(查新)材料、產(chǎn)品質(zhì)量檢驗報告、省級以上科技計劃立項證明，以及其他相關(guān)證明材料;

折疊領(lǐng)導(dǎo)層要重視研發(fā)部門的設(shè)置

包括人員的配備和設(shè)備的配備。財務(wù)部門對委托境外的外部研發(fā)投入和境內(nèi)的外部研發(fā)支出分別設(shè)立賬戶核算。要重視研發(fā)部門與財務(wù)部門的溝通與協(xié)調(diào)。研發(fā)部門在制訂研究開發(fā)項目立項報告的基礎(chǔ)上與財務(wù)部門共同建立研發(fā)投入核算體系，建立研發(fā)人員的績效考核獎勵制度。研發(fā)部門與財務(wù)部門共同按月編制研究開發(fā)項目立項報告及企業(yè)研究開發(fā)項目情況表，以各個研發(fā)項目為單位分別進(jìn)行測度并加總計算研發(fā)費(fèi)用。

為扶持和鼓勵高新技術(shù)企業(yè)的發(fā)展，根據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》(以下稱《企業(yè)所得稅法》)、《中華人民共和國企業(yè)所得稅法實施條例》(以下稱《實施條例》)有關(guān)規(guī)定，制定本辦法。

健全內(nèi)部控制制度

確保研究開發(fā)費(fèi)用核算歸集的真實、準(zhǔn)確。(三)裁決高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定事項中的重大爭議，監(jiān)督、檢查各地區(qū)認(rèn)定工作。企業(yè)應(yīng)按月對包括直接研究開發(fā)活動和可以計入的間接研究開發(fā)活動所發(fā)生的費(fèi)用進(jìn)行歸集，并填寫企業(yè)年度研究開發(fā)費(fèi)用結(jié)構(gòu)明細(xì)表。對研究開發(fā)部門的各項費(fèi)用建立輔助賬冊，進(jìn)行單獨(dú)核算。具體來講應(yīng)建立如下控制制度 。

所有研發(fā)活動的外包合同必須經(jīng)過研究開發(fā)項目負(fù)責(zé)人簽署。企業(yè)應(yīng)按月對包括直接研究開發(fā)活動和可以計入的間接研究開發(fā)活動所發(fā)生的費(fèi)用進(jìn)行歸集，并填寫企業(yè)年度研究開發(fā)費(fèi)用結(jié)構(gòu)明細(xì)表。財務(wù)部門依據(jù)經(jīng)過簽署的研發(fā)活動外包合同和對方提供的有效付款憑證，以及表明經(jīng)過研究開發(fā)項目負(fù)責(zé)人簽署的外包研發(fā)活動進(jìn)展情況的驗收確認(rèn)單據(jù)付款，會計人員核對合同和付款單據(jù)后記賬。研發(fā)機(jī)構(gòu)對委托境外的外部研發(fā)投入和境內(nèi)的外部研發(fā)支出在費(fèi)用單據(jù)上進(jìn)行標(biāo)注，并經(jīng)相關(guān)負(fù)責(zé)人審批。財務(wù)部門對委托境外的外部研發(fā)投入和境內(nèi)的外部研發(fā)支出分別設(shè)立賬戶核算。所有的外包支付申請必須說明外包所屬的研究開發(fā)項目名稱、項目編號。財務(wù)部門依據(jù)研究開發(fā)項目名稱、項目編號將外包費(fèi)用計入相應(yīng)的研究開發(fā)項目。