禪城祖廟始建于北宋元豐年間（1078年~1085年），當時的名稱叫祖堂，其實就是北帝廟，當時珠三角地區(qū)多為水鄉(xiāng)，水患多，而北帝恰是傳說中治水的神，于是北帝作為禪城人的保護神被供奉起來。但在明代，祖廟遭到破壞。它以石灰為主要材料，拌上稻草或草紙，經(jīng)反復錘煉，制成草根灰、紙根灰，并以瓦筒、銅線為支撐物，在施工現(xiàn)場塑造，待干后再涂上礦物顏料而成。洪武5年，祖廟得到重建。 　　明朝正統(tǒng)十四年，朝廷封祖堂為靈應祠，并建了靈應牌坊。自此，祖廟由民間祭祀之地變成guan方祭祀之地。 　　

當時，各行各業(yè)人士都拿出自己的東西捐給祖廟，禪城當時手工出名的石灣瓦也被放在了祖廟的屋脊上。 　　上個世紀70年代初，靈應祠大堂后面慶真樓的磚木結構改成了混泥土結構。雕塑人物的面部、手部均露胎，不施釉，目的是為了生動傳神地表現(xiàn)人物的神態(tài)表情和手部造型。據(jù)當時參加了修繕工作的梁詩裕先生說，當時動用了100多人共花了一年多時間才完成修繕工作。 　　上個世紀70年代還沒有設立禪城博物館，祖廟旁邊是關帝廟、媽祖廟等，后來才把它們拆了修建禪城博物館，因此用博物館的概念來評價祖廟是不準確的。1998年，慶真樓變成危房，加固后又重新使用。