擴增檢測實驗室原則上分為4個單獨的工作區(qū)域：試劑儲存和準備區(qū)、標本制備區(qū)、擴增反應混合物配制和擴增區(qū)、擴增產(chǎn)物分析區(qū)。為避免交叉污染，進入各個工作區(qū)域必須嚴格遵循單一方向進行。

 雖然這些污染對PCR實驗結(jié)果的影響已經(jīng)受到了廣泛重視，多數(shù)實驗室對污染控制都采取了各種辦法，比如定期大掃除清理、劃分操作區(qū)域、試劑分裝、操作謹慎、重復實驗、多角度驗證結(jié)果。但是微量的核酸片段就能被擴增，所以對污染物的控制不僅僅是做到這些就能夠杜絕和避免的，關(guān)鍵是需要從源頭控制。

 檢測過程對可能出現(xiàn)的假陽性和假陰性進行質(zhì)量控制，除了檢測商品試劑盒所提供陽性和陰性對照外，每次臨床樣本檢測時，至少應當有1份弱陽性和3份陰性質(zhì)控樣本（多份陰性質(zhì)控樣本設置對實驗室“污染”所致假陽性的監(jiān)控更為有效），隨機放在所檢測標本的中間。弱陽性質(zhì)控樣本可為檢測陽性的滅活稀釋后保存的臨床樣本、滅活病毒或假病毒顆粒等，如所采用的商品化試劑盒有“內(nèi)標”控制假陰性，或弱陽性質(zhì)控樣本來源困難，可暫不設弱陽性質(zhì)控。陰性質(zhì)控樣本采用標本采集管內(nèi)溶液即可。質(zhì)控樣本應與臨床標本同等對待，參與樣本核酸提取和擴增檢測全過程。

作為實驗室內(nèi)的主要儲藏藥品以及試劑的設備通常使用實驗室專用柜，其通用領(lǐng)域包括類、檢測食品、物理化學實驗以及生物等，按照藥品柜的構(gòu)造材質(zhì)不同，包括全木型、全鋼型以及不銹鋼型等材質(zhì)。如果按照安全系數(shù)分類包括普通和抽氣型。

選購的實驗室設備中必不可少的就是試驗臺，通風柜以及實驗室柜三種實驗室家具，三樣家具分工不同，所以他們的性能也就不同，其中實驗室專用柜的作用是儲藏實驗室樣品及實驗室作業(yè)中所用到的藥品及試劑。