生物燃料的作物被生物質(zhì)分解或者燒荒種地，導(dǎo)致需要數(shù)十年甚至數(shù)個(gè)世紀(jì)的生物燃料才能補(bǔ)償所排放的碳。為了制造及運(yùn)輸生物質(zhì)燃料會(huì)產(chǎn)生污染、二氧化碳排放及使用水資源、化肥。在地生產(chǎn)使用生質(zhì)燃料可以減少這些問(wèn)題，但是就算在地生產(chǎn)，生質(zhì)燃料在環(huán)保上可能還是不值得，甚至有些研究顯示、一些已經(jīng)量產(chǎn)的生質(zhì)酒精在經(jīng)濟(jì)上都是不值得──例如制造玉米酒精所需要的能量會(huì)超過(guò)玉米酒精能提供的能量。自從20世紀(jì)70年代人們開(kāi)始使用混合燃料以來(lái)，種植玉米的農(nóng)民就一直敦促。

巴西可再生能源占全國(guó)能源的比例高達(dá)44.7%，而全球平均僅為13.3%。巴西的可再生能源主要是乙醇和水力發(fā)電，其中乙醇的比重日益提高。據(jù)巴西礦產(chǎn)能源部公布的資料，2005年甘蔗能源在全國(guó)所產(chǎn)2.186億噸石油當(dāng)量能源中占了13.9%。目前，生物能源已成為巴西第三大能源。采用廢棄食用油來(lái)生產(chǎn)生質(zhì)柴油不會(huì)占用食物來(lái)源，被認(rèn)為是目前真正值得推廣的生質(zhì)燃料，但是廢油中含有許多無(wú)用物質(zhì)，會(huì)增加生產(chǎn)問(wèn)題。估計(jì)到2010年，正在建設(shè)中的100多個(gè)甘蔗乙醇蒸餾廠將有一半投產(chǎn)，屆時(shí)生物能源將超過(guò)水能和電能躍升為巴西的第二大能源。

生物燃料在生產(chǎn)過(guò)程中所消耗的能源比它們所能夠產(chǎn)生的能源要多，并且生產(chǎn)成本高于它們所替代的石油燃料。能源成本首先包括種植作物所需的化肥，也包括進(jìn)行轉(zhuǎn)化所需的水、蒸汽及電力。經(jīng)濟(jì)成本包括人工、灌溉與機(jī)械以及化肥。能量密度較低的乙醇還增加了運(yùn)輸成本，并降低了發(fā)動(dòng)機(jī)效率。全球生物柴油工業(yè)呈現(xiàn)快速增長(zhǎng)，2000～2005年產(chǎn)能、產(chǎn)量及消費(fèi)量年均增長(zhǎng)率約為32%，而到2008年產(chǎn)能和需求增速更快，年均增速將分別達(dá)到115%和101%，甚至更高。玉米、柳枝稷、木質(zhì)纖維素、大豆及葵花油等多種生物燃料原料植物的能源與經(jīng)濟(jì)性逆差是相似的。