調(diào)節(jié)微生物區(qū)系，改善土壤微生態(tài)系統(tǒng)。腐熟的有機(jī)肥中含有酵母菌、乳酸菌、纖維素分解菌等有益微生物，而加有功能菌的生物有機(jī)肥還含有固氮菌、硅酸鹽細(xì)菌、溶磷菌、光合細(xì)菌和假單胞菌等一些有益菌，這些微生物除了具有產(chǎn)生大量活性物質(zhì)的能力外，還具有固氮、溶磷、解鉀的能力，有的還具有抑制植物根系病原菌的能力，有的具有改善土壤微生態(tài)環(huán)境的能力。此外，生物有機(jī)肥施入土壤后，能夠調(diào)節(jié)土壤中微生物的區(qū)系組成，使土壤中的微生態(tài)系統(tǒng)結(jié)構(gòu)發(fā)生有益改變。

生物有機(jī)肥的生產(chǎn)主要包括發(fā)酵菌促進(jìn)物料腐熟過(guò)程、添加功能菌二次發(fā)酵過(guò)程和成品加工過(guò)程。通過(guò)發(fā)酵使物料完全腐熟是整個(gè)生產(chǎn)的關(guān)鍵環(huán)節(jié)，在發(fā)酵腐熟階段，多數(shù)企業(yè)采用槽式堆置發(fā)酵法。水分、C/N 比、溫度、pH、通風(fēng)情況等過(guò)程參數(shù)直接影響物料腐熟的程度和發(fā)酵周期。待物料完全腐熟后，添加固氮菌、溶磷菌、解鉀菌等復(fù)合功能菌群進(jìn)行二次發(fā)酵， 通過(guò)控制發(fā)酵條件提高產(chǎn)品中的有益活菌數(shù)， 從而達(dá)到增強(qiáng)生物有機(jī)肥肥效的目的。發(fā)酵結(jié)束后，為了提高產(chǎn)品的商品性和保證產(chǎn)品中有益微生物的存活率， 成品加工多以圓盤(pán)造粒后低溫烘干工藝為佳。

 有機(jī)肥：主要來(lái)源于植物和（或）動(dòng)物，施于土壤以提供植物營(yíng)養(yǎng)為其主要功用的含碳物料。生物有機(jī)肥：是指特定功用微生物與主要以動(dòng)植物殘?bào)w（如畜禽糞便、農(nóng)作物秸稈等）為來(lái)源并經(jīng)無(wú)害化處置、腐熟的有機(jī)物料復(fù)合而成的一類(lèi)兼具微生物肥料和有機(jī)肥效應(yīng)的肥料。特性不同、有機(jī)肥：經(jīng)生物物質(zhì)、動(dòng)植物廢棄物、植物殘?bào)w加工而來(lái)，消弭了其中的有毒有害物質(zhì)，富含大量有益物質(zhì)。包括：多種有機(jī)酸、肽類(lèi)以及包括氮、磷、鉀在內(nèi)的豐厚的營(yíng)養(yǎng)元素。不只能為農(nóng)作物提供營(yíng)養(yǎng)，而且肥效長(zhǎng)。