在農(nóng)業(yè)的部獲得登記的生物有機(jī)肥生產(chǎn)企業(yè)，基本上以從事微生物肥料生產(chǎn)為主，在發(fā)酵生產(chǎn)工藝上，多采用槽式堆置發(fā)酵法，還有其他的發(fā)酵方法，如：平地堆置發(fā)酵法、發(fā)酵槽發(fā)酵法、密封倉式發(fā)酵法等在生產(chǎn)中也得到了應(yīng)用。在發(fā)酵腐熟過程中物料的水分、碳氮比、溫度等的調(diào)節(jié)及腐熟劑的使用是生產(chǎn)工藝的關(guān)鍵，特別是菌劑的應(yīng)用直接影響著物料發(fā)酵的周期及腐熟程度。經(jīng)過腐熟的物料基本實現(xiàn)了產(chǎn)品的無害化，從而也有利于后處理過程中所加入功能菌的存活。

在發(fā)酵物料的后處理方面，大多數(shù)企業(yè)加入功能菌進(jìn)行復(fù)配、定形，產(chǎn)品劑型以粉塵為主，但也有采用滾筒造?；驍D壓造粒的。顆粒產(chǎn)品克服了粉的劑產(chǎn)品外觀差、層次低的缺點，提高了產(chǎn)品的商品性，但同時也提高了企業(yè)的生產(chǎn)成本，并對有效菌的存活產(chǎn)生了一定影響。 由于生物有機(jī)肥相比普通有機(jī)肥生產(chǎn)成本較高，主要應(yīng)用在蔬菜、水果、中草藥等高附加值的經(jīng)濟(jì)作物上，并取得了較好的效果。

微生物菌是生物有機(jī)肥料產(chǎn)品的核心，在生產(chǎn)過程中，一般有兩個環(huán)節(jié)涉及到微生物的使用：

一是在腐熟過程中加入促進(jìn)物料分解、腐熟兼具除臭功能的腐熟菌劑，其多由復(fù)合菌系組成，常見菌有光合菌、乳酸菌、酵母菌、放線、青霉、木霉等；

二是在物料腐熟后加入的功能菌，一般以同氮菌、溶磷菌、硅酸鹽細(xì)菌、乳酸菌、假單胞菌、放線等為主，在產(chǎn)品中發(fā)揮特定的肥料效應(yīng)。因此，對生物有機(jī)肥生產(chǎn)來說，微生物菌的篩選、使用是一項核心技術(shù)，只有掌握了這一項關(guān)鍵技術(shù)，才能加快物料的分解、腐熟，以及保證產(chǎn)品的應(yīng)用效果。

看物料。是否均勻。抓一把肥料在陽光下觀察，陰潮呈團(tuán)、干燥呈灰都非正常產(chǎn)品。適合特殊功能菌中生長的“有機(jī)肥營養(yǎng)”應(yīng)是套餐型，由多種有機(jī)營養(yǎng)物質(zhì)組成(如：菜粕、黃豆粉等發(fā)酵制成)，在光線下能看到原料的痕跡，或者能聞到原料的特殊氣味。看效果。加少量水將生物有機(jī)肥調(diào)成團(tuán)狀，放在冰箱里凍成冰塊，然后拿出來溶化，反復(fù)三次，肥料中的菌中將會凍死或大幅度減少；這是用它和將原產(chǎn)品進(jìn)行比較試驗、在相同的田塊里觀察差異，差異明顯好肥料，差異不明顯，表明該產(chǎn)品有問題，建議放棄使用。