PCR擴(kuò)增后出現(xiàn)的條帶與預(yù)計(jì)的大小不一致，或大或小，或者同時(shí)出現(xiàn)特異性擴(kuò)增帶 與非特異性擴(kuò)增帶。非特異性條帶的出現(xiàn)，其原因：一是引物與靶序列不完全互補(bǔ)、或引物聚合形成二聚體。二是Mg2 離子濃度過(guò)高、退火溫度過(guò)低，及PCR循環(huán)次數(shù)過(guò)多有關(guān)。其次是酶的質(zhì)和量，往往一些來(lái)源的酶易出現(xiàn)非特異條帶而另一來(lái)源的酶則不出現(xiàn)，酶量過(guò)多有時(shí)也會(huì)出現(xiàn)非特異性擴(kuò)增。其對(duì)策有：必要時(shí)重新設(shè)計(jì)引 物。減低酶量或調(diào)換另一來(lái)源的酶。降低引物量，適當(dāng)增加模板量，減少循環(huán)次數(shù)。適當(dāng)提高退火溫度或采用二溫度點(diǎn)法（93℃變性，65℃左右退火與延伸）。

低嚴(yán)格單鏈特異性引物PCR (Lowstringencysingle specific primer PCR, LSSP- PGR)技術(shù)

LSSP - PCR是建立在PCR基礎(chǔ)上的又一種新型基因突變檢測(cè)技術(shù)。要求是“二高一低”。高濃度的單鏈引物( 5-端/ 3-端引物均可).約4. 8Lmol高濃度的Taq酶( 16Lmol/ 100ml) 低退火溫度( 300.所用的模板必須是純化的DNA部分片段。在這種低嚴(yán)格條件下。引物與模板間發(fā)生不同程度的錯(cuò)配。形成多種大小不同的擴(kuò)增產(chǎn)物。經(jīng)電泳分離后形成不同的帶型。對(duì)同一目的基因而言。所形成的帶型是固定的。因而稱(chēng)之為“基因標(biāo)簽”。這是一種檢測(cè)基因突變或進(jìn)行遺傳鑒定的快速敏感方法。

差示PCR (differential PCR, d -PCR)技術(shù)

d-PCR可以定量檢測(cè)標(biāo)本靶基因的拷貝數(shù)。它是將目的基因和一個(gè)單拷貝的參照基因置于一個(gè)試管中進(jìn)行PCR擴(kuò)增。電泳分離后呈兩條區(qū)帶,比較兩條區(qū)帶的豐度，或在引物5°-端標(biāo)記上放1射性核素后.通過(guò)檢測(cè)兩條區(qū)帶放1射性強(qiáng)度即可測(cè)出目的基因的拷貝數(shù)。

定量PCR(quantitative PCR, qPCR)技術(shù)

qPCR技術(shù)是用合成的RNA作為內(nèi)標(biāo)來(lái)檢測(cè)PCR擴(kuò)增目的mRNA的量,涉及目的mRNA和內(nèi)標(biāo)用相同的引物共同擴(kuò)增.但擴(kuò)增出不同大小片段的產(chǎn)物.可容易地電泳分離。一種內(nèi)標(biāo)可用于定量多種不同目的mRNA。qPCR可用 于研究基因表達(dá)。能提供特定DNA基因表達(dá)水平的變化.在癌1癥、代謝紊亂及自身免1疫性疾病的診斷和分析中很有價(jià)值。

原位PCR儀

它是由主機(jī)，加熱模塊，玻片，熱蓋，控制軟件組成。主要是應(yīng)用對(duì)細(xì)胞或組織內(nèi)的DNA部分片段進(jìn)行原位擴(kuò)增分析-即定位分析，如病源基因在細(xì)胞的位置或目的基因在細(xì)胞內(nèi)的作用位置等。是保持細(xì)胞或組織的完整性，使PCR反應(yīng)體系滲透到組織和細(xì)胞中，在細(xì)胞的靶DNA所在的位置上進(jìn)行基因擴(kuò)增，不但可以檢測(cè)到靶DNA，又能標(biāo)出靶序列在細(xì)胞內(nèi)的位置，于分子和細(xì)胞水平上研究疾病的發(fā)病機(jī)理和臨床過(guò)程及病理的轉(zhuǎn)變有重大的實(shí)用價(jià)值。它無(wú)需將細(xì)胞破碎提取DNA，細(xì)胞內(nèi)有DNA酶的作用擴(kuò)增受到一定的影響，使用不是很普遍。

該儀器主要應(yīng)用于醫(yī)學(xué)臨床研究，如癌細(xì)胞等。