出現(xiàn)的PCR擴(kuò)增條帶與目的靶序列條帶一致，有時其條帶更整齊，亮度更高。

引物設(shè)計不合適：選擇的擴(kuò)增序列與非目的擴(kuò)增序列有同源性，因而在進(jìn)行PCR擴(kuò)增時，擴(kuò)增出的PCR產(chǎn)物為非目的性的序列。靶序列太短或引物太短，容易出現(xiàn)假陽性。需重新設(shè)計引物。

靶序列或擴(kuò)增產(chǎn)物的交叉污染：這種污染有兩種原因：一是整個基因組或大片段的交叉污染，導(dǎo)致假陽性。這種假陽性可用以下方法解決：操作時應(yīng)小心輕柔，防止將靶序列吸入加樣槍內(nèi)或濺出離心管外。除酶及不能耐高溫的物質(zhì)外，所有試劑或器材均應(yīng)高壓消毒。所用離心管及樣進(jìn)槍頭等均應(yīng)一次性使用。必要時，在加標(biāo)本前，反應(yīng)管和試劑用紫外線照射，以破壞存在的核酸。二是空氣中的小片段核酸污染，這些小片段比靶序列短，但有一定的同源性?？苫ハ嗥唇?，與引物互補(bǔ)后，可擴(kuò)增出PCR產(chǎn)物，而導(dǎo)致假陽性的產(chǎn)生，可用巢式PCR方法來減輕或消除。

等位基因特異性PCR(Allele- specificPCR. ASPCR技術(shù)

ASPCR依賴于引物3”-端的一個堿基錯配,不僅減少多聚酶的延伸效率,而且降低引物-模板復(fù)合物的熱穩(wěn)定性。這樣有點突變的模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增后檢測不到擴(kuò)增產(chǎn)物.可用于檢測基因點突變。

單鏈構(gòu)型多態(tài)性PCR(single- strandconformational polymorphism PCR, SSCPPCR)技術(shù)

SSCP- PCR是根據(jù)形成不同構(gòu)象的等長DNA單鏈在中性聚丙1烯酰胺凝膠中的電泳遷移率變化來檢測基因變異。在不含變性劑的中性聚丙1烯酰胺凝膠中,單鏈DNA遷移率除與DNA長度有關(guān)外,更主要取決于DNA單鏈所形成的空間構(gòu)象。相同長度的單鏈DNA因其順序不同或單個堿基差異所形成的構(gòu)象就會不同，PCR產(chǎn)物經(jīng)變性后進(jìn)行單鏈DNA凝膠電泳時，每條單鏈處于一定的位置.靶DNA中若發(fā)生堿基缺失、插入或單個堿基置換時.就會出現(xiàn)泳動變位。從而提示該片段有基因變異存在。

梯度PCR儀

把一次性PCR擴(kuò)增可以設(shè)置一系列不同的退火溫度條件（溫度梯度），通常12鐘溫度梯度，這樣的儀器就叫梯度PCR儀。

工作模式和原理同普通PCR儀一樣，它出了又普通PCR儀的功能外還多了一個梯度退火功能。DNA部分片段的擴(kuò)增對溫度的控制精度要求特別高，不同的DNA部分片段其退火溫度不一樣，通過計算DNA部分片段中的CG堿基的含量只能初步的判斷出zui優(yōu)退火溫度在 5℃范圍內(nèi)，如果用普通PCR儀進(jìn)行研究，需重復(fù)擴(kuò)增很多次，然后做電泳進(jìn)行分析來確定zui優(yōu)退火溫度。而梯度PCR儀則只需要一次就可以完成，在節(jié)省了時間的同時提高了實驗的可靠性和準(zhǔn)確性。主要用于研究未知DNA退火溫度的擴(kuò)增，這樣節(jié)約成本的同時也節(jié)約了時間和經(jīng)費。在不設(shè)置梯度的情況下，梯度PCR儀也可以做普通PCR擴(kuò)增。

該儀器主要應(yīng)用于科研，教學(xué)機(jī)構(gòu)，醫(yī)學(xué)臨床研究，高等院校，病毒分析，疾控中心等。