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PCR產(chǎn)物的回收(膠回收試劑盒)
1.膠回收的目的(1)去除非特異性擴增的產(chǎn)物(2)去除多余的底物(3)去除多余的Taq酶(4)得到目的片段
2.膠回收的過程(1)切膠:紫外下切膠,稱重。之后用槍頭將膠塊搗碎。切膠的刀片建議選用一次性刀片,實驗臺等也盡可能用乙醇擦拭干凈??赏ㄟ^空EP管與裝膠EP管質(zhì)量的差值計算膠的質(zhì)量。注意切膠時盡可能避免切到條帶外的凝膠,且避免紫外時間過長。別忘記膠條有厚度,前后多余的部分也盡量切除。(2)溶膠:每1 mg膠加入1 μL膜結(jié)合液(MB),按比例1:1加入MB,55℃水浴溶解。每1~2 min震蕩混勻,待溶解后至少在水浴中保持1~2 min,保證膠塊完全溶解。在電泳過程中,DNA會與大分子的多糖緊密結(jié)合,凝膠的種類和質(zhì)量不同,DNA與之結(jié)合力也不同,只有凝膠充分溶解DNA才能充分釋放。否則,凝膠將與DNA一起沉淀下來,洗脫后將影響回收結(jié)果的純度。(3)結(jié)合:將溶膠轉(zhuǎn)移至純化柱內(nèi),12000 rpm離心1 min,倒掉收集管中的廢液,將純化柱重新插回收集管中。膠塊完全溶解后建議將膠液溫度降至室溫再上柱,因為純化柱在溫度較高時結(jié)合DNA的能力較弱。
回收產(chǎn)物的檢測
1.紫外分光光度計法檢測DNA在OD260處有明顯吸收峰,當OD260=1時,相當于大約50 ng/μL雙鏈DNA、40 ng/μL單鏈DNA。OD260/OD280≈1.6~1.9時,說明DNA純度較高。若洗脫時不用洗脫緩沖液,而是用去離子水,會使比值偏低,因為離子的存在會影響吸光度。但不表示純度低。
2.SYBR法檢測取回收產(chǎn)物1 μL,與1 μL SYBR染料混勻,于熒光透1視儀下觀察是否有黃綠色熒光。
3.瓊脂糖凝膠電泳法檢測取回收產(chǎn)物5 μL,與10×Loading Buffer混勻,DNA Marker加5 μL,電泳后凝膠成像觀察。5 μL DNA Marker相當于每個條帶50 ng DNA,觀察目的條帶亮度大致為Marker的兩倍,則大致估算其濃度約為20 ng/μL。
提取DNA常用的方法
一.酚抽提法:先用蛋酶K、SDS破碎細胞,消化蛋白,然后用酚和酚-氯DNA大小為100-150kb
二.甲酰胺解聚法:破碎細胞同上,然后用高濃度甲酰胺解聚蛋白質(zhì)與DNA的結(jié)合,再透析獲得DNA可得DNA200kb左右。
三.玻璃棒纏繞法:用鹽酸胍裂解細胞,將裂解物鋪于乙醇上,然后用帶鉤或U型玻璃棒在界面輕攪,DNA沉淀液繞于玻棒。生成DNA約80kb。
四.異丙1醇沉淀法:基本同1法,僅用二倍容積異丙1醇替代乙醇,可去除小分子RNA(在異丙1醇中可溶狀態(tài))
五.表面活性劑快速制備法:用Triton X-100A或NP40表面活性劑破碎細胞,然后用蛋白酶K或酚去除蛋白,乙醇沉淀或透析。
六.加熱法快速制備:加熱96℃-100℃,五分鐘,然后離心后取上清,可用于PCR反應。
七.堿變性快速制備:先用NaOH作用20分鐘,再加HCI中和,離心后取上清,含少量DNA。