高新技術企業(yè)申請中面臨的主要問題是提高高新技術產(chǎn)品(服務)收入。《高新認定管理辦法》規(guī)定的高新技術產(chǎn)品(服務)收入，是指企業(yè)通過技術創(chuàng)新、開展研發(fā)活動所形成的符合《國家重點支持的高新技術領域》要求的產(chǎn)品(服務)所獲得的收入與企業(yè)技術性收入的總和?！陡咝抡J定管理辦法》要求企業(yè)每年高新產(chǎn)品(服務)取得的收入要占到當年總銷售收入的60%以上。然而實務中很多企業(yè)的高新技術產(chǎn)品(服務)收入的比例達不到這一標準。建議企業(yè)應持續(xù)開展研究開發(fā)活動，有計劃的組織調(diào)查、研究開發(fā)，提高企業(yè)的創(chuàng)新能力，加強技術改進。

      《企業(yè)所得稅法》第28條規(guī)定：“國家需要重點扶持的高新技術企業(yè)，減按15%的稅率征收企業(yè)所得稅”。經(jīng)認定的高新技術企業(yè)適用的企業(yè)所得稅稅率(15%) 比一般企業(yè)適用的25%的企業(yè)所得稅稅率低10%。

高新技術企業(yè)所得稅優(yōu)惠備案程序：1.認定合格的高新技術企業(yè)，自高新企業(yè)認定批準的有效期當年開始，可申請享受企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策。2.企業(yè)可持有“高新技術企業(yè)證書”及其復印件，向主管稅務機關申請辦理減免稅備案手續(xù)。手續(xù)辦理完畢后，高新技術企業(yè)可減按15%繳納企業(yè)所得稅。3.企業(yè)在年度終了不遲于年度匯算清繳納稅申報時備案。

備案材料：企業(yè)所得稅優(yōu)惠事項備案表;高新技術企業(yè)資格證書。

高新技術企業(yè)認定申請應提交的材料包括經(jīng)具有資質(zhì)的中介機構鑒證的企業(yè)近三個會計年度研究開發(fā)費用情況表(實際年限不足三年的按實際經(jīng)營年限)，并附研究開發(fā)活動說明材料;經(jīng)具有資質(zhì)的中介機構鑒證的企業(yè)近三個會計年度的財務報表(含資產(chǎn)負債表、損益表、現(xiàn)金流量表，實際年限不足三年的按實際經(jīng)營年限)以及技術性收入的情況表。

國家高新技術企業(yè)申報程序

1、企業(yè)自我評價。企業(yè)應對照《認定辦法》第十條的規(guī)定進行自我評價，認為符合條件的，按照本通知要求進行申報；

2、網(wǎng)上注冊、申報。企業(yè)登錄“高新技術企業(yè)認定管理工作網(wǎng)”進行注冊登記，并按要求在網(wǎng)上填寫申報材料；

3、稅務審核。企業(yè)將申報材料報征收企業(yè)所得稅的主管稅務部門審核，由主管稅務部門在企業(yè)基本信息表上蓋章；

4、地方初審。各市科技局會同財政局、國稅局、地稅局對轄區(qū)內(nèi)企業(yè)申報材料進行初審，并形成初審意見；

5、報送材料。各市認定工作機構須正式行文上報材料。上報文件和高新技術企業(yè)申報推薦匯總表須加蓋科技局、財政局、國稅局、地稅局公章，連同轄區(qū)內(nèi)企業(yè)申報材料（一式二份），由各市科技局在材料報送截止時間前，統(tǒng)一報送至省政務中心科技廳窗口。