菌群中的地衣芽孢等有益微生物施入土壤層后快速繁育成優(yōu)點菌群，操縱化感營養(yǎng)成分和資源，使重茬、根腐、猝倒、牙床流動性、灰霉病等病原菌喪失生存環(huán)境和標(biāo)準(zhǔn)。綠色植物根莖體細(xì)胞植物細(xì)胞變厚、肝纖維化、木制化，轉(zhuǎn)化成角質(zhì)層兩層，產(chǎn)生牢固天然屏障，避免病原菌侵入。綠色植物群中有益微生物如地衣芽孢、極大芽孢和側(cè)孢芽孢能夠提高土壤層緩存能力，維持水份和水份，提高農(nóng)作物的耐旱、耐寒和耐澇能力。與此同時，側(cè)生胞子的胞子鏈球菌也可以加強(qiáng)葉子防護(hù)膜，抵御病原菌的感柒，抵御病害。

微生物在農(nóng)業(yè)中的作用已經(jīng)逐漸被人們所認(rèn)識。目前，許多國家生產(chǎn)、施用和推廣微生物肥料。微生物肥料適用于多種經(jīng)濟(jì)作物、大田作物、果樹蔬菜、種苗花卉、藥材等。使用簡單多樣，可用作基肥或追肥。一些菜農(nóng)認(rèn)為菌肥不能與化肥混合，混合后高濃度的化學(xué)物質(zhì)會滅菌肥料中的活性細(xì)菌，因此菌肥將失去其意義。事實上，沒有必要擔(dān)心這個問題。菌肥中的微生物有很強(qiáng)的生命力。除了不適合與碳酸氫銨等堿性肥料和等生理堿性肥料混合外，與其他肥料混合還有許多優(yōu)點。

復(fù)合微生物肥料改善了作物的營養(yǎng)供給，特別是增加了有機(jī)質(zhì)、腐植酸、氨基酸等有機(jī)養(yǎng)分，有利于作物糖分的積累，提高了產(chǎn)品的含糖量，解決了部分施用化肥造成的“蔬菜不香，水果不甜”的問題。施用復(fù)合微生物肥料可以降低農(nóng)產(chǎn)品中亞的含量，增加還原糖和維生素C的含量，大量的化肥和農(nóng)用肥料不同程度地污染了土壤，造成一定的毒性。生長在污染土壤中的作物不僅會造成生長障礙，還會給人類帶來危害。消除土壤污染是環(huán)境控制的重要內(nèi)容。該復(fù)合微生物肥料肥效持續(xù)時間長，可減少化肥用量，無毒無害。復(fù)合微生物肥料具有降解和轉(zhuǎn)化土壤中有毒物質(zhì)的能力。這種生物修復(fù)是各種土壤修復(fù)措施中一種經(jīng)濟(jì)有效的措施。

主要功能(1)提高肥料利用率:一些微生物細(xì)菌能分解土壤中固定的磷、鉀元素，釋放出來供作物吸收利用，吸收利用空氣中的氮，合成“生態(tài)氮肥”。(2)土壤改良:在土壤中施用微生物肥料后，不僅補充了大量有機(jī)質(zhì)，增加了土壤的土內(nèi)結(jié)構(gòu)，而且使微生物細(xì)菌在土壤中快速繁殖，形成生命力強(qiáng)的益生菌群，從根本上改善了土壤和根系周圍的生態(tài)結(jié)構(gòu)，使化肥硬化的土壤多年來疏松透氣。(3)預(yù)防志病:微生物的有益微生物在土壤中快速繁殖，在作物根際土壤微生態(tài)系統(tǒng)中形成優(yōu)勢種群，防止或抑制其他有害細(xì)菌的生長繁殖和對作物的危害