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DNA測序檢測
1. PCR測序反應
(1)取0.2ml的PCR管,用記號筆編號,將管插在顆粒冰中,按下表加試劑:
所加試劑測定模板管標準對照管
BigDye Mix
1μl
待測的質粒DNA
1μ 1
pGEM-3Zf ( )雙鏈DNA
-1μ1
待測DNA的正向引物
M13(-21)引物- 1μ 1
滅菌去離子水
2μ 1
總反應體積5μ 1,不加輕礦物油或石蠟油,蓋緊PCR管,用手指彈管混勻,稍離心。
(2)將PCR管置于9600或2400型PCR儀.上進行擴增。98C變性2min后進行PCR循環(huán),
PCR循環(huán)參數(shù)為96C 10s, 50C 5s, 60°C4min, 25 個循環(huán),擴增結束后設置4C保溫。
2.乙醇法純化PCR產物
(1) 將混合物離心,將擴增產物轉移到1.5ml EP管中。
(2)加入25μ 1/乙醇混合液,充分振蕩,置冰上10min以沉淀DNA。12 000r/min于
4C離心30 min,小心棄上清。
(3)加70%(V/V)的乙醇50μ 1 洗滌沉淀2次。12 000r/min 于4C離心5min,小心棄上清和
管壁的液珠,真空干燥沉淀10~ 15min。
3.電泳前測序PCR產物的處理。
(1)加入12μ 1的TSR于離心管中,劇烈振蕩,讓其充分溶解DNA沉淀,稍離心。
(2)將溶液轉移至蓋體分離的0.2ml PCR管中,稍離心。
(3)在PCR儀上進行熱變性(95C 2min),冰中驟冷,待_上機。
4..上機操作按儀器操作說明書安裝毛細管,進行毛細管位置的校正,人工手動灌膠和建立
運行的測序順序文件。
5.儀器將自動進行序列分析,并可根據用戶要求進行序列比較。如測序序列已知,可通過
序列比較以星號標出差異堿基處,提高工作效率。
6.測序完畢按儀器操作規(guī)程進行儀器清洗與保養(yǎng)。
RNA提取
1.棄去培養(yǎng)液,用PBS清洗兩次1-2。
2.棄去PBS,用1000u1槍吸干凈殘余PBS。
3.加1ml TRIZOL研磨B 41。
4. 1.5mIEP管標號與每孔相對應備用。
5.研磨好的溶液轉移至對應的 EP管中國。
6.往每個EP管中加入250ul,劇烈震蕩30s, 冰上靜置12min[問l。
7. 所有樣品4C離心,轉速: 13500轉1分鐘,時間: 15min.
8. 再次標記一批同樣編號EP管。
9.離心后吸上清液400u1移入相應編號的EP管中,再加入400ul異充
分混勻。4C冰箱35min。
10. 4C離心,轉速: 13500轉1分鐘,時間: 10min.
11.棄去.上清液,加1m175%乙醇,輕搖7]。
12. 4C離心,10600轉/分鐘,時間: 5min.
13. 棄上清液濾紙吸干。
14. 加DEPC水10ul溶解,-80C保存。進行逆轉錄前測濃度。
組織RNA提取
1、剪米粒大小組織塊放入EP管中標號。
2、EP管中加300ul trizol浸泡30分鐘或更久。
3、用研磨棒研磨,以肉眼很難看到組織為宜。
4、加700u1 trizol靜 置5分鐘。
STR檢測
短串聯(lián)重復(Short tandem repeats, STR),又稱微wei星DNA(Microsatellite DNA)或簡單重復序列(Simple repeat sequence, SRS或SSR),是廣泛存在于原核生物和真核生物基因組中的核苷酸重復序列。報告:根據證實為大腸陽性的管數(shù),查MPN表,報告每100ml(g)大腸菌群的MPN值。有絲分裂過程中DNA鏈之間的錯配引起的fu制滑動被認為是導致STR產生的較為常見原因,并且依據不同fu制單元大小的不同以及不同物種之間,fu制滑動發(fā)生的概率也不相同。
STR是以核心序列 (core repeat units) 首尾相連多次重復形成?;瘜W鍵合固定相,根據鍵合的基團不同可用于反相或正相色譜,其中常用的是十八烷基硅l烷(又稱ODS)鍵合硅膠,可用于反相色譜或離子對色譜離子交換填料,用于離子交換色譜,是有一定孔徑的大孔填料,用于排阻色譜。每個STR的核心序列結構相同,長度為2-6bp,但其重復單位數(shù)目和重復區(qū)域的長度不同,因此STR在不同種族、不同人群之間的分布具有差異性,構成了STR遺傳多態(tài)性。不同個體之間在一個同源STR位點的重復次數(shù)也不同,因而同指紋識別一樣,STR位點分析也可對個體進行身份識別。通過識別個體基因組在特定位點的特定序列重復,即可創(chuàng)建其基因檔案?;诖耍琒TR分析法已經成為一種重要的鑒定分析方法,應用于法醫(yī)學、qin子鑒定及細胞鑒定等領域。