限制酶的限制作用實(shí)際就是限制酶降解外源DNA ，維護(hù)宿主遺傳穩(wěn)定的保護(hù)機(jī)制。Methylation是常見(jiàn)的修飾作用，可使腺piao呤A和胞嘧1啶C Methylation而受到保護(hù)。通過(guò)甲1基化作用達(dá)到識(shí)別自身遺傳物質(zhì)和外來(lái)遺傳物質(zhì)的目的。

所以，能產(chǎn)生防御病毒侵染的限制酶的細(xì)菌，其自身的基因組中可能有該酶識(shí)別的序列，只是該識(shí)別序列或酶切位點(diǎn)被Methylation了。但并不是說(shuō)一旦Methylation了，所有限制酶都不能切割。大多數(shù)限制酶對(duì)DNAMethylation敏感，因此當(dāng)限制酶目標(biāo)序列與Methylation位點(diǎn)重疊時(shí)，對(duì)酶切的影響有3種可能，即不影響、部分影響、完全阻止。

對(duì)MethylationDNA的切割能力是限制酶內(nèi)在和不可預(yù)測(cè)的特性，因此，為有效的切割DNA，必須同時(shí)考慮DNA Methylation和限制酶對(duì)該類型Methylation的敏感性。另外，大部分商業(yè)限制酶如今專門用于切割Methylation DNA。

限制酶全稱限制性核酸內(nèi)切酶。每種限制酶特異識(shí)別專一DNA序列，并在切割位點(diǎn)將其準(zhǔn)確切割。是基因工程用來(lái)切割目的基因的酶，DNA copy不需要。DNA copy需要的是解旋酶和DNA聚合酶。

限制性核酸內(nèi)切酶是可以識(shí)別并附著特定的核苷酸序列，并對(duì)每條鏈中特定部位的兩個(gè)脫氧核糖核苷酸之間的磷酸二酯鍵進(jìn)行切割的一類酶，簡(jiǎn)稱限制酶。根據(jù)限制酶的結(jié)構(gòu)，輔因子的需求切位與作用方式，可將限制酶分為三種類型，分別是第yi型（Type I）、第二型（Type II）及第三型（Type III）。Ⅰ型限制性內(nèi)切酶既能催化宿主DNA的甲Methylation，又催化非Methylation的DNA的水解；而Ⅱ型限制性內(nèi)切酶只催化非Methylation的DNA的水解。Ⅲ型限制性內(nèi)切酶同時(shí)具有修飾及認(rèn)知切割的作用。

　　限制性內(nèi)切酶已有百余種，每種酶有其特定的核苷酸序列識(shí)別特異性，酶的活性需Mg 2來(lái)激1活。不同的酶也有許多差別：有些酶除需Mg 2外，還需ATP 等其他輔助因子的激1活;切割位點(diǎn)和識(shí)別序列間的距離不同;有的內(nèi)切酶同時(shí)具有甲1基化作用。根據(jù)這些差別，可將限制性內(nèi)切酶分為I、II 和III 種類型。II 型限制性內(nèi)切酶只需要二價(jià)鎂離子的激1活，酶在其識(shí)別序列內(nèi)切割雙鏈DNA，產(chǎn)生的各種DNA部分片段具有相同的末端結(jié)構(gòu)，而且大多數(shù)的II 型酶可提供粘性未端，有利于片段再連接，大部分II 型酶所識(shí)別的序列具有反向?qū)ΨQ的結(jié)構(gòu)，或稱之回文結(jié)構(gòu)。如EcoRI 和HindIII 的識(shí)別和切口分別為：

　　EcoRI ： G ↓AATT C HindIII ： A↓AGCT T

　　T TCGA↑ A C TTAA↑G

限制性內(nèi)切酶的質(zhì)量控制鑒定

限制性內(nèi)切酶的一個(gè)活性單位是指，在50μl 的反應(yīng)體系里，采用隨酶提供的 NEBuffer，用1個(gè)小時(shí)的時(shí)間，徹底消化1μg底物DNA所需要的酶量。酶切反應(yīng)應(yīng)在帶蓋的eppendorf 管中進(jìn)行，選用技術(shù)數(shù)據(jù)卡上所標(biāo)明的適宜溫度。在確定酶活性之前，濃縮的酶應(yīng)該用推薦的貯存液稀釋成大約1,000 單位/ml。

質(zhì)量控制

所有質(zhì)量控制鑒定結(jié)果都公布在隨酶提供的技術(shù)數(shù)據(jù)卡上。