PCR反應(yīng)特異性強(qiáng)：PCR反應(yīng)的特異性決定因素為：①引物與模板DNA特異正確的結(jié)合；②堿基配對(duì)原則；③Taq DNA聚合酶合成反應(yīng)的忠實(shí)性；④靶基因的特異性與保守性。

其中引物與模板的正確結(jié)合是關(guān)鍵。引物與模板的結(jié)合及引物鏈的延伸是遵循堿基配對(duì)原則的。聚合酶合成反應(yīng)的忠實(shí)性及TaqDNA聚合酶耐高溫性，使反應(yīng)中模板與引物的結(jié)合（復(fù)性）可以在較高的溫度下進(jìn)行，結(jié)合的特異性大大增加，被擴(kuò)增的靶基因片段也就能保持很高的正確度。再通過選擇特異性和保守性高的靶基因區(qū)，其特異性程度就更高。

PCR法不僅僅局限于分子生物學(xué)，還因其簡(jiǎn)便、迅速等特點(diǎn)被廣泛應(yīng)用于醫(yī)學(xué)、法醫(yī)學(xué)、食品、環(huán)境衛(wèi)生檢驗(yàn)、動(dòng)植物檢驗(yàn)等其它領(lǐng)域。Taq DNA聚合酶是PCR法普遍使用的聚合酶，但其具有如下局限性。

1. 可信度 (Fidelity)：通常Taq DNA Polymerase的Fidelity并不高，PCR反應(yīng)有時(shí)會(huì)出現(xiàn)錯(cuò)配 (Misincorporation) 現(xiàn)象，因而PCR克1隆、變異導(dǎo)入等實(shí)驗(yàn)中，需加以注意。

2. 擴(kuò)增的DNA長(zhǎng)度：使用Taq DNA Polymerase進(jìn)行PCR擴(kuò)增時(shí)，通常可擴(kuò)增幾kb的DNA，超過10 kb則比較困難。這就給利用PCR進(jìn)行Mapping等Genome解析帶來(lái)麻煩。

3. 擴(kuò)增量：使用Taq DNA Polymerase進(jìn)行PCR產(chǎn)物克1隆及食品、環(huán)境衛(wèi)生檢驗(yàn)等時(shí)，擴(kuò)增量常常達(dá)不到要求。為解決以上難題，Takara在對(duì)Polymerase、Buffer及反應(yīng)條件等進(jìn)行深入研究的基礎(chǔ)上，開發(fā)了LA PCR (Long and Accurate PCR) 技術(shù)，運(yùn)用此技術(shù)可大量正確地?cái)U(kuò)增長(zhǎng)達(dá)40 kb 的DNA部分片段。LA PCR技術(shù)擴(kuò)展了PCR的應(yīng)用范圍，可在Genome解析、基因診斷、長(zhǎng)片段 DNA的克1隆及變異導(dǎo)入等方面發(fā)揮優(yōu)勢(shì)。

復(fù)合PCR(multiplex PCR)技術(shù)

在同一反應(yīng)中用多組引物同時(shí)擴(kuò)增幾種基因片段.如果基因的某一區(qū)段有缺失則相應(yīng)的電泳譜上這一區(qū)帶就會(huì)消失。復(fù)合PCR主要用于同一病原體的分型及同時(shí)檢測(cè)多種病原體、多個(gè)點(diǎn)突變的分子病的診斷。

重組PCR技術(shù)

重組PCR技術(shù)是在兩個(gè)PCR擴(kuò)增體系中,兩對(duì)引物分別由其中之一在其5°-端和3-端引物上帶.上一段互補(bǔ)的序列混合兩種PCR擴(kuò)增產(chǎn)物.經(jīng)變性和復(fù)性。兩組PCR產(chǎn)物互補(bǔ)序列發(fā)生粘連。其中一條重組雜合鏈能在PCR條件下發(fā)生聚合延伸反應(yīng)，產(chǎn)生一個(gè)包含兩個(gè)不同基因的雜合基因。