凈化車間非常重要的便是空氣凈化系統(tǒng)，因此要避免因為設(shè)備對車間環(huán)境造成污染，把車間設(shè)備安裝在服務(wù)通道或者非潔凈區(qū)域，如果設(shè)備沒有辦法必須安裝在潔凈區(qū)域，要采取必要的措施減少設(shè)備對凈化車間產(chǎn)生的污染，凈化車間的氣流要從高潔凈區(qū)域流向低潔凈區(qū)域，車間流量隔離區(qū)的氣流要保持中性壓力或者負(fù)壓，避免氣流強制流出工作區(qū)帶來污染的可能性。

無菌操作區(qū)域內(nèi)的100級潔凈區(qū)內(nèi)的空氣在其使用點處應(yīng)經(jīng)過濾器過濾后呈單向流態(tài)(層流)輸送，流速應(yīng)滿足空氣以活塞的方式吹除灌封區(qū)內(nèi)的懸浮粒子的需要。按規(guī)定，垂直單向流的氣流速度為3.5m/s±20%，水平單向流的氣流速度為4.5m/s±20%。

以無菌藥品車間為例，藥品無菌廠房潔凈區(qū)一般設(shè)置為四個潔凈級別區(qū)。高風(fēng)險操作區(qū)，通常用層流操作臺(罩)來維持該區(qū)的環(huán)境狀態(tài)。層流系統(tǒng)在其工作區(qū)域必須均勻送風(fēng)，風(fēng)速為0.36-0.54m/s(指導(dǎo)值)。　B級，指無菌配制和灌裝等高風(fēng)險操作區(qū)所處的背景區(qū)域。　C級和D級，指生產(chǎn)無菌藥品過程中重要程度較低的潔凈操作區(qū)。

潔凈室必須將風(fēng)速保持在0.3米/秒至0.5米/秒(60英尺/分鐘至100英尺/分鐘)的范圍里，以便使中斷的單向流能快速恢復(fù)，充分稀釋障礙物周圍紊流區(qū)的污染。用風(fēng)速可以正確地表示出單向流，因為風(fēng)速越高室內(nèi)就越潔凈。而每小時換氣次數(shù)與房間的體積有關(guān)，如吊頂?shù)母叩停虼瞬贿m合用來表示單向流。單向流室內(nèi)的送風(fēng)量是紊流室的很多倍(10到100倍)。