微生物菌是生物有機(jī)肥料產(chǎn)品的核心，在生產(chǎn)過程中，一般有兩個(gè)環(huán)節(jié)涉及到微生物的使用：

一是在腐熟過程中加入促進(jìn)物料分解、腐熟兼具除臭功能的腐熟菌劑，其多由復(fù)合菌系組成，常見菌有光合菌、乳酸菌、酵母菌、放線、青霉、木霉等；

二是在物料腐熟后加入的功能菌，一般以同氮菌、溶磷菌、硅酸鹽細(xì)菌、乳酸菌、假單胞菌、放線等為主，在產(chǎn)品中發(fā)揮特定的肥料效應(yīng)。因此，對(duì)生物有機(jī)肥生產(chǎn)來說，微生物菌的篩選、使用是一項(xiàng)核心技術(shù)，只有掌握了這一項(xiàng)關(guān)鍵技術(shù)，才能加快物料的分解、腐熟，以及保證產(chǎn)品的應(yīng)用效果。

土壤是一個(gè)國家很重要的自然資源。沈其榮認(rèn)為土壤基礎(chǔ)地力是實(shí)現(xiàn)作物產(chǎn)量潛力的關(guān)鍵因素， 就每千克化肥在不同作物上的平均增產(chǎn)效果而言，1975 年為25 kg 谷粒/kg 化肥、15 kg 油料/kg 化肥、10 kg 棉花/kg 化肥；2008 年為8~9 kg 谷粒/kg化肥、6～7 kg 油料/kg 化肥、5～6 kg 棉花/kg 化肥?；蕡?bào)酬的急劇下降表明，隨著化肥的長期使用，土壤的基礎(chǔ)地力正在逐漸減弱， 而土壤基礎(chǔ)地力的減弱已成為影響中國農(nóng)業(yè)可持續(xù)發(fā)展和農(nóng)作物高產(chǎn)、穩(wěn)產(chǎn)的重要限制因素。

 傳統(tǒng)的化肥相比，生物有機(jī)肥很好的處理了土壤問題，可以改進(jìn)土壤和進(jìn)步作物質(zhì)量。生物有機(jī)肥含有豐厚的有機(jī)質(zhì)和各種營養(yǎng)物質(zhì)，不只為植物生長提供營養(yǎng)，其豐厚的微生物，還可促進(jìn)土壌團(tuán)粒構(gòu)造構(gòu)成，改進(jìn)主壤物理性狀，進(jìn)步主壤保肥保水才能，是處理土壤問題的不二之選。微生物在生物有機(jī)肥中發(fā)揮宏大作用，那么，生物有機(jī)肥中的作為生物到底是些什么生物呢？