生物有機肥在改善農產品品質方面發(fā)揮著不可替代的作用，但目前生產和銷售還存在一定困難，這是因為對的農產品并沒有完全做到優(yōu)價，在一定程度上影響了種植戶的積極性，使得生物有機肥的推廣遇到了較大困難。

近年來，生物有機肥在一些生態(tài)示范區(qū)、綠色和有機農產品基地得到了較為廣泛的應用，這是生物有機肥今后發(fā)展的主要方向。隨著綠色有機農產品生產規(guī)模的擴大和人們消費水平的提高，生物有機肥的生產應用必是主流。

作物施用生物有機肥后， 其中的發(fā)酵菌和功能菌大量繁殖， 對改良土壤、促進作物生長、減輕作物病害具有顯著效果。主要原因在于：一、肥料中的有益微生物會在土壤中大量定殖形成優(yōu)勢種群， 抑制其他有害微生物的生長繁殖，甚至對部分病原微生物產生拮抗作用，以減少其侵染作物根際的機會。

二、功能菌發(fā)揮功效增進土壤肥力，比如施用含固氮微生物的肥料，可以增加土壤中的氮素來源；施用含解磷、解鉀微生物的肥料，其中的微生物可以將土壤中難溶的磷、鉀分解出來，以便作物吸收利用。

三、肥料中的許多微生物菌在生長繁殖過程中會產生對作物有益的代謝產物，能夠刺激作物生長，增強作物的抗病抗逆能力。

現(xiàn)階段， 國內種植戶施用生物有機肥的積極性不高，生物有機肥使用率相對較低，主要在蔬菜、水果、中草藥、煙和草等附加值較高的經濟作物上應用。但隨著人們消費水平和安全意識的提高， 對綠色有機農產品的需求日益增強， 生物有機肥將會成為農業(yè)生產的必然選擇。

目前，生物有機肥在一些生態(tài)示范區(qū)、綠色和有機農產品基地應用取得了較好的效果， 這對生物有機肥今后的推廣應用起到良好的示范作用。