磁性分離方法基本只包括2個步驟：1. 用磁性納米粒子標記目標分子或細胞；2. 通過磁分離裝置分離出目標分子或細胞。利用磁性納米粒子分離的例子之一是把特異性與磁性納米粒子結合，可將磁性納米粒子連接在特定細胞上，外加磁場即可快速將結合磁性納米粒子的細胞分離或進行分析。這樣的方法特異性高、分離迅速、重現(xiàn)性好。又如，將葡萄糖-DEAE包裹在磁性納米粒子表面，利用帶正電荷的DEAE與帶負電荷的核酸之間的電荷吸附作用，通過離子交換，在細菌裂解上清中提純質粒。

按表面基團分為：氨基磁性微球、羧基磁性微球、羥基磁性微球、環(huán)氧基磁性微球、磺酸基磁性微球、鏈酶親和素磁性微球、巰基磁性微球等。 磁性微球在診斷和檢測中的應用 在的檢測和早期診斷中，生物標記物濃度的動態(tài)范圍通常比較寬，高濃度標記物的存在通常對低濃度的檢測造成干擾。山東大學的唐波等人利用羧基磁性微球，通過EDC偶聯(lián)到氨基修飾的發(fā)卡形DNA鏈上，構建了雙功能探針。

結合緩沖液一般采用醇類結合，比如乙醇，有些廠家緩沖液是直接使用柱法的試劑轉換成磁珠法的，會發(fā)現(xiàn)在柱法中表現(xiàn)很好的試劑，在磁珠法中得率很低。這是因為柱法不但其硅膠柱具備結合核酸的能力，還有類似「分子篩」的效果。而磁珠法一般是通過靜電吸附、疏水作用來結合核酸，所以對于結合液的結合能力要求會更高，一般可以通過提高醇的比例來增強結合能力，同時，也要提高離液鹽（胍鹽、鈉鹽等）的濃度來促進核酸與磁珠的結合。

二氧化硅屬于酸性氧化物，在強堿性的溶液中很容易被腐蝕，所以在配制相應的緩沖液時，應注意pH值，一般認為pH值不宜大于9，否則有可能造成磁性微球的破壞，表面功能基團損失，導致提取效率下降甚至磁性微球不工作。這也是二氧化硅磁性微球的一個弱點，無法耐堿性條件，但二氧化硅磁性微球抗機械強度強，化學穩(wěn)定性比較好，核酸吸附能力強，目前在核酸提取中大量應用。