農村生產生物有機肥一般利用農業(yè)廢棄物經微生物發(fā)酵，制得含多種微生物的有機肥。農業(yè)廢棄物主要是畜禽糞便和秸稈。在水資源豐富的地方，養(yǎng)殖場常使用水沖的方法清理畜禽糞便。有自來水的接上自來水沖洗糞便，沒有自來水的在池塘邊裝上水泵沖洗糞便。沖洗岀來的水大量流入河塘污染環(huán)境。有的將糞便收集起來存放在土池中任其漚制，臭氣沖天，聚集運至有機肥料廠做原料。使用水沖糞做原料一定虧本。

生物有機肥的生產主要包括發(fā)酵菌促進物料腐熟過程、添加功能菌二次發(fā)酵過程和成品加工過程。通過發(fā)酵使物料完全腐熟是整個生產的關鍵環(huán)節(jié)，在發(fā)酵腐熟階段，多數企業(yè)采用槽式堆置發(fā)酵法。水分、C/N 比、溫度、pH、通風情況等過程參數直接影響物料腐熟的程度和發(fā)酵周期。待物料完全腐熟后，添加固氮菌、溶磷菌、解鉀菌等復合功能菌群進行二次發(fā)酵， 通過控制發(fā)酵條件提高產品中的有益活菌數， 從而達到增強生物有機肥肥效的目的。發(fā)酵結束后，為了提高產品的商品性和保證產品中有益微生物的存活率， 成品加工多以圓盤造粒后低溫烘干工藝為佳。

多類芽孢干菌：多粘類芽孢干菌可以產生多粘菌素，而多粘菌素分子中的環(huán)狀構造可以插入到細菌細胞膜中，從而改動細胞膜的浸透性，形成細胞內含物的流失招致有害病菌死掉；多粘類芽孢干菌產生的核苷類扛菌素多氧沒素能作用于真菌的細胞壁，惹起真菌生長時的菌絲端構成收縮泡而決裂。 解淀粉芽孢干菌：解淀粉芽孢干菌的作用機理主要包括分泌菌物質，產生拮抗作用，營養(yǎng)與空間的競爭，誘導寄主產生抗性和促進植物生長等。