禪城祖廟始建于北宋元豐年間（1078年~1085年），當(dāng)時(shí)的名稱叫祖堂，其實(shí)就是北帝廟，當(dāng)時(shí)珠三角地區(qū)多為水鄉(xiāng)，水患多，而北帝恰是傳說中治水的神，于是北帝作為禪城人的保護(hù)神被供奉起來。但在明代，祖廟遭到破壞。它以石灰為主要材料，拌上稻草或草紙，經(jīng)反復(fù)錘煉，制成草根灰、紙根灰，并以瓦筒、銅線為支撐物，在施工現(xiàn)場塑造，待干后再涂上礦物顏料而成。洪武5年，祖廟得到重建。 　　明朝正統(tǒng)十四年，朝廷封祖堂為靈應(yīng)祠，并建了靈應(yīng)牌坊。自此，祖廟由民間祭祀之地變成guan方祭祀之地。 　　

當(dāng)時(shí)，各行各業(yè)人士都拿出自己的東西捐給祖廟，禪城當(dāng)時(shí)手工出名的石灣瓦也被放在了祖廟的屋脊上。 　　上個(gè)世紀(jì)70年代初，靈應(yīng)祠大堂后面慶真樓的磚木結(jié)構(gòu)改成了混泥土結(jié)構(gòu)。雕塑人物的面部、手部均露胎，不施釉，目的是為了生動傳神地表現(xiàn)人物的神態(tài)表情和手部造型。據(jù)當(dāng)時(shí)參加了修繕工作的梁詩裕先生說，當(dāng)時(shí)動用了100多人共花了一年多時(shí)間才完成修繕工作。 　　上個(gè)世紀(jì)70年代還沒有設(shè)立禪城博物館，祖廟旁邊是關(guān)帝廟、媽祖廟等，后來才把它們拆了修建禪城博物館，因此用博物館的概念來評價(jià)祖廟是不準(zhǔn)確的。1998年，慶真樓變成危房，加固后又重新使用。