禪城祖廟始建于北宋元豐年間（1078年~1085年），當(dāng)時(shí)的名稱叫祖堂，其實(shí)就是北帝廟，當(dāng)時(shí)珠三角地區(qū)多為水鄉(xiāng)，水患多，而北帝恰是傳說中治水的神，于是北帝作為禪城人的保護(hù)神被供奉起來。但在明代，祖廟遭到破壞。屋瓦鋪雙層，以利隔熱，瓦面交接處抺灰做成瓦垅，以增加屋面重量以及前述的輕巧造型、通透石雕、木雕構(gòu)件等等無不體現(xiàn)潮州民居講究實(shí)用的特色。洪武5年，祖廟得到重建。 　　明朝正統(tǒng)十四年，朝廷封祖堂為靈應(yīng)祠，并建了靈應(yīng)牌坊。自此，祖廟由民間祭祀之地變成guan方祭祀之地。 　　

當(dāng)時(shí)，各行各業(yè)人士都拿出自己的東西捐給祖廟，禪城當(dāng)時(shí)手工出名的石灣瓦也被放在了祖廟的屋脊上。 　　上個(gè)世紀(jì)70年代初，靈應(yīng)祠大堂后面慶真樓的磚木結(jié)構(gòu)改成了混泥土結(jié)構(gòu)。在家內(nèi)一般追求良好的采光、通風(fēng)、采用精致的通雕屏風(fēng)，隔扇，同時(shí)，潮州民居十分注重門面裝飾，集中對(duì)石柱、屋脊、外墻門框、匾額楹聯(lián)、檐頭、抱鼓石、石獅乃至門前之亭子、旗桿等均予以精美之裝飾，使建筑物之門前徒增華貴之感。據(jù)當(dāng)時(shí)參加了修繕工作的梁詩裕先生說，當(dāng)時(shí)動(dòng)用了100多人共花了一年多時(shí)間才完成修繕工作。 　　上個(gè)世紀(jì)70年代還沒有設(shè)立禪城博物館，祖廟旁邊是關(guān)帝廟、媽祖廟等，后來才把它們拆了修建禪城博物館，因此用博物館的概念來評(píng)價(jià)祖廟是不準(zhǔn)確的。1998年，慶真樓變成危房，加固后又重新使用。