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二環(huán)己基碳二亞胺的副產(chǎn)品二環(huán)己基脲不溶于水，一般是用過濾撤除的，但是仍然會有少許殘留在溶液中，難以清除干凈。DCC不比其他固相接肽試劑那樣便利，其副產(chǎn)品二環(huán)己基脲是難以從多肽樹脂上星散出來的。

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合成具有某些特殊官能團的化合物。用羧酸合成烯酮的反應(yīng)。β-羥基酮、β-羥基酯等與DCC反應(yīng)可以生成α,β-不飽和酮或酯;可以在適當?shù)姆磻?yīng)條件下轉(zhuǎn)化為氰基胍;

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