調(diào)節(jié)微生物區(qū)系，改善土壤微生態(tài)系統(tǒng)。腐熟的有機肥中含有酵母菌、乳酸菌、纖維素分解菌等有益微生物，而加有功能菌的生物有機肥還含有固氮菌、硅酸鹽細菌、溶磷菌、光合細菌和假單胞菌等一些有益菌，這些微生物除了具有產(chǎn)生大量活性物質(zhì)的能力外，還具有固氮、溶磷、解鉀的能力，有的還具有抑制植物根系病原菌的能力，有的具有改善土壤微生態(tài)環(huán)境的能力。此外，生物有機肥施入土壤后，能夠調(diào)節(jié)土壤中微生物的區(qū)系組成，使土壤中的微生態(tài)系統(tǒng)結(jié)構(gòu)發(fā)生有益改變。

生物有機肥在改善農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)方面發(fā)揮著不可替代的作用，但目前生產(chǎn)和銷售還存在一定困難，這是因為對的農(nóng)產(chǎn)品并沒有完全做到優(yōu)價，在一定程度上影響了種植戶的積極性，使得生物有機肥的推廣遇到了較大困難。

近年來，生物有機肥在一些生態(tài)示范區(qū)、綠色和有機農(nóng)產(chǎn)品基地得到了較為廣泛的應(yīng)用，這是生物有機肥今后發(fā)展的主要方向。隨著綠色有機農(nóng)產(chǎn)品生產(chǎn)規(guī)模的擴大和人們消費水平的提高，生物有機肥的生產(chǎn)應(yīng)用必是主流。

其次、生物有機肥施用時也不宜與單一化肥混施。單一化肥因其成分單一，且酸堿水平不同，假如大量施用，勢必影響生物有機肥的生物活性。因而，生物有機肥單獨施用。 另外、生物有機肥穴施更重要，特別是茄果類蔬菜，重茬現(xiàn)象不可防止。即便補施了一些生物肥、微肥，由于受溫度、濕度、透氣性、有機質(zhì)等條件的影響，再加上幼苗根弱的緣由，很難快速發(fā)揮作用。