農(nóng)村生產(chǎn)生物有機肥一般利用農(nóng)業(yè)廢棄物經(jīng)微生物發(fā)酵，制得含多種微生物的有機肥。農(nóng)業(yè)廢棄物主要是畜禽糞便和秸稈。在水資源豐富的地方，養(yǎng)殖場常使用水沖的方法清理畜禽糞便。有自來水的接上自來水沖洗糞便，沒有自來水的在池塘邊裝上水泵沖洗糞便。沖洗岀來的水大量流入河塘污染環(huán)境。有的將糞便收集起來存放在土池中任其漚制，臭氣沖天，聚集運至有機肥料廠做原料。使用水沖糞做原料一定虧本。

土壤是一個國家很重要的自然資源。沈其榮認為土壤基礎(chǔ)地力是實現(xiàn)作物產(chǎn)量潛力的關(guān)鍵因素， 就每千克化肥在不同作物上的平均增產(chǎn)效果而言，1975 年為25 kg 谷粒/kg 化肥、15 kg 油料/kg 化肥、10 kg 棉花/kg 化肥；2008 年為8~9 kg 谷粒/kg化肥、6～7 kg 油料/kg 化肥、5～6 kg 棉花/kg 化肥。化肥報酬的急劇下降表明，隨著化肥的長期使用，土壤的基礎(chǔ)地力正在逐漸減弱， 而土壤基礎(chǔ)地力的減弱已成為影響中國農(nóng)業(yè)可持續(xù)發(fā)展和農(nóng)作物高產(chǎn)、穩(wěn)產(chǎn)的重要限制因素。

現(xiàn)階段， 國內(nèi)種植戶施用生物有機肥的積極性不高，生物有機肥使用率相對較低，主要在蔬菜、水果、中草藥、煙和草等附加值較高的經(jīng)濟作物上應(yīng)用。但隨著人們消費水平和安全意識的提高， 對綠色有機農(nóng)產(chǎn)品的需求日益增強， 生物有機肥將會成為農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的必然選擇。

目前，生物有機肥在一些生態(tài)示范區(qū)、綠色和有機農(nóng)產(chǎn)品基地應(yīng)用取得了較好的效果， 這對生物有機肥今后的推廣應(yīng)用起到良好的示范作用。

平面條垛式堆肥工藝： 　　

  生產(chǎn)流程：原料處理--加菌--混合--建跺--翻堆--二次加菌--混合--檢驗--包裝--出廠； 　　

  優(yōu)點：投資小、工藝相對簡單?！　?/span>

  缺點：占地面積大、腐熟不徹底、二次污染嚴重。 　　

式好氧發(fā)酵工藝： 　　

  生產(chǎn)流程：原料處理--加菌--混合--入槽--翻堆--二次加菌--混合--檢驗--包裝--出廠； 　　

  優(yōu)點：腐熟徹底、產(chǎn)品質(zhì)量高、二次污染小。 　　

  缺點：設(shè)備投入大、投資大。