目前，我國微生物肥料生產仍存在活菌數低、品種少、效果不穩(wěn)定、成本和價格較高的問題。此外，該行業(yè)存在著大量的善惡混雜、不均衡和知識產權的現象，這也在一定程度上影響了微生物肥料的產業(yè)化進程，削弱了農民施用微生物肥料的積極性。此外，微生物肥料的生產需要先進的機械設備，具備一定規(guī)模的工業(yè)生產條件(如造粒設備、干燥設備等)。)。只有開發(fā)生產微生物肥料機械設備，才能有效促進微生物肥料加工業(yè)的發(fā)展，為市場提供大量微生物肥料。

土壤變硬，含氧量低是由于人們常年施肥的習慣(不施或少施有機肥、淺施無機肥)，造成土壤變硬，土壤含氧量差。如具有強需氧能力的jun種(、孢子菌、根瘤菌等)。)，即使施用于堅硬且滲透性差的土壤，也難以存活，更不用說繁殖了。許多不了解軍種的農民只知道菌肥是好的。有益菌可以抑制土壤中有害細菌的繁殖，防止土傳疾病，促進作物生長，就像菌肥是肥一樣。然而，事實上，不同的軍種扮演著不同的角色。每個軍種都有自己的特殊作用，不了解軍種的粗心使用不能起到相應的作用。我們必須了解軍種的功能，然后根據使用目的合理選擇菌肥。

增加土壤有機質含量，促進植物生長，提高抗病性。例如，施用電磁殺菌劑可以有效防治溫室黃瓜連作障礙。菌根真菌作為功能菌肥的應用可以防止草莓連作障礙。微生物菌劑的使用可以有效減少大豆連作障礙。1.2土壤改良研究表明，許多微生物菌肥中的有益微生物能產生糖類，糖類可占土壤有機質的千分之一。結合植物粘液、礦物胚和有機膠體，可以改善土壤團聚體的結構，增強土壤的物理性質，減少土壤顆粒的流失。此外，許多微生物肥料可以加速植物殘體的分解，也參與腐殖質的形成。例如，利用枯草芽孢菌菌(Bacillus subtilis jun)作為功能菌，可以促進玉米秸稈還田后的分解速率，提高土壤的透氣性。