由于生物有機(jī)肥和精制有機(jī)肥在商品形態(tài)上區(qū)別不大，加之一些廠家的夸大宣傳，給廣大農(nóng)民和一些經(jīng)銷商造成概念上的混淆。其實(shí)，生物有機(jī)肥和精制有機(jī)肥是有本質(zhì)區(qū)別的。

　　一、考量指標(biāo)不同。生物有機(jī)肥以有效活菌數(shù)和有機(jī)質(zhì)為考量指標(biāo)，而精制有機(jī)肥只考量有機(jī)質(zhì)。簡(jiǎn)單說(shuō)，生物有機(jī)肥含菌，精制有機(jī)肥不含菌。

　　第二、管理權(quán)限不同。生物有機(jī)肥的管理、發(fā)證機(jī)關(guān)為國(guó)家部，只有獲得農(nóng)部微生物肥料登記證的生物有機(jī)肥才允許生產(chǎn)、銷售和使用；精制有機(jī)肥的管理、發(fā)證機(jī)關(guān)為省級(jí)農(nóng)業(yè)主管部門(mén)。這是區(qū)別生物有機(jī)肥和精制有機(jī)肥很直接的方法。

　　第三、生產(chǎn)工藝不同。生物有機(jī)肥是在發(fā)酵腐熟的有機(jī)肥中加入有益菌制成的，生產(chǎn)工藝的核心是均種的發(fā)酵培養(yǎng)，培養(yǎng)結(jié)果要使產(chǎn)品中的有效活菌數(shù)達(dá)到農(nóng)業(yè)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)的要求，即每克2000萬(wàn)個(gè)以上，否則就是不合格產(chǎn)品。而精制有機(jī)肥的生產(chǎn)工藝僅僅是有機(jī)肥的腐熟。只要我們能知道植物根系的重要性，就能知道微生物有機(jī)肥內(nèi)含的多種功能性微生物進(jìn)入土壤后，在生長(zhǎng)繁殖過(guò)程中產(chǎn)生大量的次生代謝產(chǎn)物，這些產(chǎn)物能夠促進(jìn)土壤團(tuán)粒結(jié)構(gòu)的形成。

土壤板結(jié)的主要原因是有機(jī)質(zhì)的缺失，而不是由于使用化肥。這并不是說(shuō)化肥對(duì)土壤板結(jié)沒(méi)影響。有機(jī)質(zhì)缺失，化肥對(duì)土壤板結(jié)影響的烈度就更加凸顯。而有機(jī)質(zhì)豐富，化肥被利用率大大提高了，化肥殘留于土壤中的硫酸根、氯離子、肖酸鹽等物質(zhì)會(huì)因轉(zhuǎn)化為水溶有機(jī)化合物，以及豐富的土壤微生物的多重作用而無(wú)害化，使土地可以永續(xù)耕作。改良土壤提高作物對(duì)養(yǎng)分的吸收利用，增加有機(jī)質(zhì)含量，從而起到改良土壤，降低土壤板結(jié)狀況，提高土壤肥力，達(dá)到土壤土質(zhì)疏松，便于作物生長(zhǎng)的效果。所以歸根結(jié)底，化肥“使土壤板結(jié)”的面作用并不是化肥之過(guò)，而是人們忽視了向土壤施用足量的有機(jī)肥料的結(jié)果。

生物肥料（微生物肥料）的種類較多，按照制品中特定的微生物種類可分為菌肥料（如根瘤菌肥、固氮菌肥）、線菌肥料（如抗生菌肥料）、菌類肥料（如菌根菌）；按其作用機(jī)理分為根瘤菌肥料、固氮菌肥料（自生或聯(lián)合共生類）、解磷菌類肥料、硅酸鹽菌類肥料；生物有機(jī)肥以有效活菌數(shù)和有機(jī)質(zhì)為考量指標(biāo)，而精制有機(jī)肥只考量有機(jī)質(zhì)。按其制品內(nèi)含分為單一的微生物肥料和復(fù)合（或復(fù)混）微生物肥料。復(fù)合微生物肥料又有菌、菌復(fù)合，也有菌和各種添加劑復(fù)合的。

生物有機(jī)復(fù)合肥是汲取傳統(tǒng)有機(jī)肥料之精華，結(jié)合現(xiàn)代生物技術(shù)，加工而成的高科技產(chǎn)品。其營(yíng)養(yǎng)元素集效、長(zhǎng)效、增效為一體，具有提高農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)、抑制土傳病害、增強(qiáng)作物抗逆性、促進(jìn)作物早熟的作用，其主要特點(diǎn)是：一是無(wú)污染、無(wú)公害。生物復(fù)合肥是天然有機(jī)物質(zhì)與生物技術(shù)的有效組合。它所包含的菌劑，具有加速有機(jī)物質(zhì)分解作用，為作物制造或轉(zhuǎn)化效養(yǎng)分提供“動(dòng)力”。同時(shí)菌劑兼具有提高化肥利用率和活化土壤中潛在養(yǎng)分的作用。二是配方科學(xué)、養(yǎng)分齊全。有機(jī)質(zhì)的結(jié)構(gòu)物質(zhì)主要是碳（C），所以這種比例稱為碳氮化（C/N），C/N大于30的有機(jī)肥料其作用以改土為主，C/N小于30的有機(jī)肥料其作用以供應(yīng)養(yǎng)分為主。生物有機(jī)復(fù)合肥料一般是以有機(jī)物質(zhì)為主體，配合少量的化學(xué)肥料，按照農(nóng)作物的需肥規(guī)律和肥料特性進(jìn)行科學(xué)配比，與生物“活化劑”很好的組合，除含有氮、磷、鉀大量營(yíng)養(yǎng)元素和鈣、鎂、硫、鐵、硼、鋅、硒、鉬等中微量元素外，還含有大量有機(jī)物質(zhì)、腐殖酸類物質(zhì)和保肥增效劑，養(yǎng)分齊全，速緩相濟(jì)，供肥均衡，肥效持久。