化學(xué)污染包括有機(jī)物污染和無機(jī)物污染。有機(jī)物污染主要是有機(jī)試劑污染和有機(jī)樣品污染。在大多數(shù)情況下，實(shí)驗室中的有機(jī)試劑并不直接參與發(fā)生反應(yīng)，僅僅起溶劑作用，因此消耗的有機(jī)試劑以各種形式排放到周邊的環(huán)境中，排放總量大致就相當(dāng)于試劑的消耗量。日復(fù)一日，年復(fù)一年，排放量十分可觀。有機(jī)樣品污染包括一些的有機(jī)樣品，如、苯并(α)芘、、亞等。無機(jī)物污染有強(qiáng)酸、強(qiáng)堿的污染，重金屬污染，污染等。其中、、鉛、鎘、鉻等重金屬的毒性不僅強(qiáng)，且有在人體中有蓄積性。

數(shù)據(jù)分析軟件：這是NGS實(shí)驗室特有的環(huán)節(jié)，實(shí)驗室需要用商品試劑配套的軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)分析，并確認(rèn)使用軟件的版本和數(shù)據(jù)庫的現(xiàn)行有效版本；數(shù)據(jù)需要專業(yè)的生信人員進(jìn)行分析，需要在數(shù)據(jù)預(yù)處理、數(shù)據(jù)比對、數(shù)據(jù)質(zhì)控、分析判斷等每個流程進(jìn)行質(zhì)控，確保數(shù)據(jù)分析的準(zhǔn)確性。檢查人員強(qiáng)調(diào)，實(shí)驗室安全關(guān)系到全監(jiān)測站每一位職工的安全，特別是有毒有害試劑的存放管理要嚴(yán)格、規(guī)范，有毒有害試劑的泄漏、流出和使用不當(dāng)均會帶來不可估計的損失，要做到“全覆蓋、零容忍”，堅決杜絕有毒有害試劑事故的發(fā)生，確保職工的人身財產(chǎn)安全，維護(hù)單位工作環(huán)境和諧穩(wěn)定。

近年來，食品安全及品質(zhì)問題越來越受到人們的關(guān)注。這里說的食品是廣泛意義上的食品，包括初級農(nóng)產(chǎn)品，如：糧谷、油料籽、蔬菜、水產(chǎn)品、畜禽產(chǎn)品、水果等，也包括加工后的食品，如：罐頭、火腿腸、食用油、方便面、醬菜、調(diào)味品等。開展食品檢測的實(shí)驗室也越來越多。在這些實(shí)驗室中由于性質(zhì)不同，檢測的項目不同，而對實(shí)驗室籌建和發(fā)展過程中對儀器的購置和選型有著不同的要求。

還有一個缺點(diǎn)，就是中心實(shí)驗室的時效性相對來說差一些。醫(yī)院是收到樣本當(dāng)天出結(jié)果，中心實(shí)驗室由于有樣本運(yùn)輸?shù)臅r間需要兩到三天出報告。但是對于生物標(biāo)志物來說，由于檢測平臺的復(fù)雜度以及臨床普及率，中心實(shí)驗室的生物標(biāo)志物的時效性能夠滿足臨床和研究的要求。