農(nóng)村生產(chǎn)生物有機(jī)肥一般利用農(nóng)業(yè)廢棄物經(jīng)微生物發(fā)酵，制得含多種微生物的有機(jī)肥。農(nóng)業(yè)廢棄物主要是畜禽糞便和秸稈。在水資源豐富的地方，養(yǎng)殖場常使用水沖的方法清理畜禽糞便。有自來水的接上自來水沖洗糞便，沒有自來水的在池塘邊裝上水泵沖洗糞便。沖洗岀來的水大量流入河塘污染環(huán)境。有的將糞便收集起來存放在土池中任其漚制，臭氣沖天，聚集運(yùn)至有機(jī)肥料廠做原料。使用水沖糞做原料一定虧本。

作物施用生物有機(jī)肥后， 其中的發(fā)酵菌和功能菌大量繁殖， 對改良土壤、促進(jìn)作物生長、減輕作物病害具有顯著效果。主要原因在于：一、肥料中的有益微生物會在土壤中大量定殖形成優(yōu)勢種群， 抑制其他有害微生物的生長繁殖，甚至對部分病原微生物產(chǎn)生拮抗作用，以減少其侵染作物根際的機(jī)會。

二、功能菌發(fā)揮功效增進(jìn)土壤肥力，比如施用含固氮微生物的肥料，可以增加土壤中的氮素來源；施用含解磷、解鉀微生物的肥料，其中的微生物可以將土壤中難溶的磷、鉀分解出來，以便作物吸收利用。

三、肥料中的許多微生物菌在生長繁殖過程中會產(chǎn)生對作物有益的代謝產(chǎn)物，能夠刺激作物生長，增強(qiáng)作物的抗病抗逆能力。

生物有機(jī)肥設(shè)備所產(chǎn)產(chǎn)品是以鮮雞、豬糞為原料，不含任何化學(xué)成份，而雞、豬消化能力差，只能消耗掉25%的營養(yǎng)成份，而飼料中另外75%營養(yǎng)成分隨糞便排出，從而使干成品含氮、磷、鉀、有機(jī)質(zhì)、氨基酸、蛋白質(zhì)等成份。對堆肥產(chǎn)生的惡臭需加以防治與控制，避免二次污染。在堆料中加入發(fā)酵劑或快速分解菌可在較短時間內(nèi)消減臭氣，且感官效果較好;或者對堆肥場產(chǎn)生的惡臭氣體以生物除臭技術(shù)等進(jìn)行處理。