根據限制酶的結構，輔因子的需求切位與作用方式，可將限制酶分為三種類型，分別是第yi型（Type I）、第二型（Type II）及第三型（Type III）?！　?/p>

第yi型限制酶同時具有修飾(modification)及認知切割(restriction)的作用；另有認知(recognize)DNA上特定堿基序列的能力，內切酶，通常其切割位(cleavage site)距離認知位(recognition)可達數千個堿基之遠。例如：EcoB、EcoK?！　?/p>

第二型限制酶只具有認知切割的作用，修飾作用由其他酵素進行。所認知的位置多為短的回文序列(palindrome sequence)；所剪切的堿基序列通常即為所認知的序列。是遺傳工程上，實用性較高的限制酶種類。例如：EcoRI、HindIII?！　?/p>

第三型限制酶與第yi型限制酶類似，同時具有修飾及認知切割的作用。可認知短的不對稱序列，切割位與認知序列約距24-26個堿基對。例如：EcoPI、HinfIII。

限制性酶切分析法

限制性酶切分析法是指基因組或一段核酸用限制性內切酶消化產生的片段經電泳等方法分離形成特別的條帶圖譜，對DNA序列的特征進行的分析。限制性酶是生物體內能識別并切割特異的雙鏈DNA序列的一種內切核酸酶。它是可以將外來的DNA切斷的酶，即能夠限制異源DNA的侵入并使之失去活力，但對自己的DNA卻無損害作用。

限制酶是基因工程中所用的重要切割工具?？茖W家已從原核生物中分離出了許多種限制酶，并且已經商品化，在基因工程中廣泛使用。根據限制酶切割的特點，可將它們分為兩大類：一類是切割部位無特異性的；另一類是可特異性地識別核苷酸序列，即只能在一定的DNA序列上進行切割。

一般是以微生物屬名的第yi個字母和種名的前兩個字母組成，第四個字母表示菌株（品系）。例如，從Bacillus amylolique faciens H中提取的限制性內切酶稱為Bam H，在同一品系細菌中得到的識別不同堿基順序的幾種不同特異性的酶，可以編成不同的號，如HindⅡ、HindⅢ，HpaI、HpaⅡ，MboI、MboⅡ等。

別名：restriction endonuclease簡稱限制酶

酶反應：限制性內切酶能分裂DNA分子在一限定數目的專一部位上。它能識別外源DNA并將其降解。

單位定義：在指明pH與37℃，在0.05mL反應混合物中，1小時消化1μg的λDNA的酶量為1單位。

性狀制品不含非專一的核酸水解酶（由10單位內切酶與1μg λDNA，保溫16小時所得的凝膠電泳圖譜的穩(wěn)定性表示），這類酶主要是從原核生物中分離出來的，迄今已經從近300多種不同的微生物中分離出約4000種限制酶。

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