認(rèn)證機(jī)構(gòu)應(yīng)保持公正。檢查與認(rèn)證活動(dòng)應(yīng)按照文件化程序的要求，在對相關(guān)因素做出客觀評價(jià)的基礎(chǔ)上進(jìn)行。認(rèn)證機(jī)構(gòu)應(yīng)有處理申訴的程序。 通過對修訂前后的認(rèn)證標(biāo)準(zhǔn)和認(rèn)證實(shí)施規(guī)則的差異分析，確定認(rèn)證標(biāo)準(zhǔn)和認(rèn)證實(shí)施規(guī)則修訂對認(rèn)證機(jī)構(gòu)運(yùn)行過程和能力需求的影響分析。有機(jī)食品認(rèn)證的一般程序包括：生產(chǎn)者向認(rèn)證機(jī)構(gòu)提出申請，提交符合有機(jī)生產(chǎn)加工要求的認(rèn)證材料，認(rèn)證機(jī)構(gòu)對材料進(jìn)行審查，并在現(xiàn)場檢查后予以批準(zhǔn)。

認(rèn)證機(jī)構(gòu)應(yīng)具有充分的資源與技術(shù)能力以及完善的財(cái)務(wù)管理制度并且通過管理者及人員的培訓(xùn)和經(jīng)歷證明其技術(shù)能力。標(biāo)準(zhǔn)、檢查與認(rèn)證應(yīng)覆蓋產(chǎn)品和操作方的所有相關(guān)方面。 食品認(rèn)證機(jī)構(gòu)已經(jīng)認(rèn)證該食品的生產(chǎn)、加工、儲(chǔ)存、運(yùn)輸和銷售點(diǎn)符合有機(jī)食品標(biāo)準(zhǔn)，有機(jī)食品認(rèn)證涵蓋種植、養(yǎng)殖和加工的全過程。我國有機(jī)產(chǎn)品認(rèn)證工作由認(rèn)監(jiān)委授權(quán)24家認(rèn)證機(jī)構(gòu)具體執(zhí)行，綠色食品認(rèn)證費(fèi)用，每個(gè)認(rèn)證機(jī)構(gòu)都有各自的有機(jī)產(chǎn)品標(biāo)志。而國家也有統(tǒng)一的有機(jī)產(chǎn)品標(biāo)志。

認(rèn)證機(jī)構(gòu)的人員如與操作方有任何家庭或是業(yè)務(wù)（貿(mào)易或咨詢）的關(guān)系，應(yīng)簽署協(xié)議聲明不介入任何與該操作方有關(guān)的決定或檢查活動(dòng)。認(rèn)證機(jī)構(gòu)運(yùn)行所依據(jù)的方針和程序以及機(jī)構(gòu)管理應(yīng)是非性的，且不應(yīng)受到國家背景、種族、信仰、性別、年齡、婚姻狀況等因素的影響。 認(rèn)證機(jī)構(gòu)應(yīng)做出安排以確保在組織的各個(gè)層次，包括各與分包機(jī)構(gòu)，對認(rèn)證過程中獲取的關(guān)于某一操作方的信息保密。

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