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水里還含有一些蛋白質分離器無法分解的物質，包括蛋白質，如血漿蛋白，以及氨基酸中某些蛋白素成分。一般情況下，蛋白質分離器只能去除30%至50%。蛋白質分離器越活躍，它需要的能量就越多。

通過能量輸入和表面擴張，除蛋白素結合外，還能產生其它作用。第yi個非常有利的因素是，大量的氧氣將被注入水中，從而促進細菌分解殘留物。但這種作用也可以去除魚缸內的二氧化碳，同時還會由于碳酸鹽硬度降低而使 pH值升高。因為不同氣體，即二氧化碳和氧氣的密集交換，使反應接觸點部分的氧含量非常高，因此造成鐵、鉬、錳等主要微量元素在水面以外被氧化。另外，對單細胞蟲黃藻的影響也很大，它被用來保存能使微量元素分解的凝膠所作用。

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由于蛋白分離器排出的凈水富含豐富的氧氣，僅含少量二氧化碳、微量元素和維生素，因此，在使用蛋白分離器時，必須適當添加這些物質。但是，這也會帶來一些特殊的困難，特別是當?shù)鞍踪|分離器必須額外依賴臭氧工作時，上述反應就會更強烈。

蛋白質分離器的高度效應：分離器的高度取決于停留時間和液流速度的大小。對于給定的處理過的水，液速的計算步驟如下：

(a)用氣液比、水量計算所需氣量；(b)用優(yōu)氣流速度和流量計算分離器截面積；(c)用水量、面積計算液體速度；(d)用氣流速度、流量計算液體速度時，水流是否紊動，可相應增加氣液比，重復上述計算。這可以確定隔板的高度。