生物有機(jī)肥與農(nóng)家肥區(qū)別：一是有益微生物差異。生物有機(jī)肥含有大量的有益微生物，其活動(dòng)能夠改善土壤理化性狀，抑制有害微生物的生長(zhǎng)，促進(jìn)作物生長(zhǎng)；農(nóng)家肥微生物含量較少，有益微生物和有害微生物共生。二是肥效差異。生物有機(jī)肥發(fā)酵時(shí)間短，腐熟徹底，養(yǎng)分損失少，肥效相對(duì)較快；農(nóng)家肥露天長(zhǎng)時(shí)間堆制，養(yǎng)分特別是氮素養(yǎng)分損失較多。三是安全性差異。生物有機(jī)肥經(jīng)過(guò)有益微生物的作用，基本消滅了禽畜糞便中原有的對(duì)作物有害的蟲卵和病原菌；農(nóng)家肥自然發(fā)酵，不受人為因素的控制，內(nèi)含對(duì)作物生長(zhǎng)有害的病蟲。

在實(shí)際生產(chǎn)中，化肥的利用率只有30%～45%甚至更低，未被利用的化肥一部分分解釋放到大氣中，一部分則隨著水土流失掉了，還有一部分被固定在土壤中，阿維菌素型生物有機(jī)肥工藝，不能被植物直接利用，天然生物有機(jī)肥工藝，造成土壤酸化/鹽漬化和板結(jié)等不良后果。當(dāng)施入生物有機(jī)肥后，其有益微生物活動(dòng)就能改善土壤結(jié)構(gòu)，增加土壤保水保肥能力，從而減少養(yǎng)分的流失。加上有機(jī)質(zhì)、有益微生物解磷解鉀作用，能使化肥有效利用率提高到50%以上。

 過(guò)磷酸鈣和鈣鎂磷肥直接施入泥土，容易同泥土中的鐵、鋁、鈣等元素聯(lián)結(jié)，生成難溶性的磷酸物而被固定，造成有效養(yǎng)分喪失。若與有機(jī)肥混雜施用，不僅可減少與泥土接觸面，減少泥土與化肥的固定機(jī)會(huì)，而且可使磷肥中那些難溶性的磷轉(zhuǎn)化成作物能利用的有效磷，提高磷肥的肥效。4、改良泥土結(jié)構(gòu)，增進(jìn)延續(xù)增產(chǎn)。長(zhǎng)期單施化肥會(huì)被損壞泥土的團(tuán)粒結(jié)構(gòu)，造成泥土粘重板結(jié)，下降耕作性能和供肥性能。有機(jī)肥含有豐盛的有機(jī)質(zhì)，可活化蓬松泥土，下降容量；可改良泥土的水、肥、氣、熱等理化性狀；調(diào)節(jié)酸堿度。二者混用，既可提高產(chǎn)量，又可增進(jìn)農(nóng)業(yè)的可延續(xù)性發(fā)展。5、減少用量，降低污染。有機(jī)肥和化肥混合搭配，可以減少化肥施用量30%—50%，一方面從化肥使用量減少對(duì)土地污染。另一方面則是因部分有機(jī)肥可以降解土壤中化肥殘留。6、增進(jìn)微生物活動(dòng)，增長(zhǎng)泥土養(yǎng)分。有機(jī)肥是微生物生活的能源，化肥是微生物生長(zhǎng)的無(wú)機(jī)營(yíng)養(yǎng)，二者混用增進(jìn)微生物活動(dòng)，進(jìn)而增進(jìn)有機(jī)肥的分解，北京生物有機(jī)肥工藝，產(chǎn)生大批二氧化碳和有機(jī)酸，有助于泥土中難溶性養(yǎng)分溶解，供給作物吸收。