微生物菌肥不宜與殺菌劑、殺蟲劑、除草的劑同時使用，也不要在使用生物菌肥后再實(shí)行土壤消毒。生物菌肥適宜的土壤濕度為60%左右，微生物有機(jī)肥批發(fā)，所以要注意不要在過分干旱時使用。生物菌肥對于陽光中的紫外線敏感，不宜采用地表撒施，可以在陰天或清晨、傍晚于土壤中施用。生物菌肥施入土壤后，綏江微生物有機(jī)肥，有一個菌群繁殖壯大的過程，因此，微生物有機(jī)肥招商，在果樹根系開始生長前使用。

在蘋果、柑橘、桃、葡萄、李子、梨等果樹上的研究結(jié)果表明，施用生物有機(jī)肥有效增加了果實(shí)單果重并顯著提高了單位面積產(chǎn)量，說明生物有機(jī)肥有效保證了營養(yǎng)的持續(xù)供應(yīng)，促進(jìn)了植株光合作用和碳水化合物的合成。在設(shè)施草莓上施用生物有機(jī)肥，單株產(chǎn)量增加67.9克，在“紅地球”上施用，提高了葡萄單穗重和產(chǎn)量。果園施用生物有機(jī)肥后，蘋果、桃、葡萄、李子的產(chǎn)量，分別增產(chǎn)29.8%、67.7%、12.6%、21.1%；同時單果重增加明顯，蘋果增加35.9%，葡萄增加28.4%。

在發(fā)酵物料的后處理方面，大多數(shù)企業(yè)加入功能菌進(jìn)行復(fù)配、定形，產(chǎn)品劑型以粉塵為主，但也有采用滾筒造?；驍D壓造粒的。顆粒產(chǎn)品克服了粉的劑產(chǎn)品外觀差、層次低的缺點(diǎn)，提高了產(chǎn)品的商品性，但同時也提高了企業(yè)的生產(chǎn)成本，并對有效菌的存活產(chǎn)生了一定影響。 由于生物有機(jī)肥相比普通有機(jī)肥生產(chǎn)成本較高，主要應(yīng)用在蔬菜、水果、中草藥等高附加值的經(jīng)濟(jì)作物上，并取得了較好的效果。

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