將實驗室的清潔區(qū)和污染區(qū)有效分開，可以降低污染發(fā)生的風險，玻璃儀器，避免交叉污染。比如辦公室和進行微生物檢測的房間要分開；從事樣品接收和鑒定的兩個房間要有效隔離；配制培養(yǎng)基和廢棄物處理也要有效隔離。需要注意的一個概念是，污染區(qū)并不是“污染高”的區(qū)域，而是指“污染風險”或“污染可能性”高的區(qū)域。在這個區(qū)域里進行污染可能性高的操作，嚴格按照生物安全要求操作，污染區(qū)應該不受污染。

 實驗室產生的廢氣包括試劑和樣品的揮發(fā)物、分析過程中間產物、泄漏和排空的標準氣和載氣等。通常實驗室中直接產生有毒、有害氣體的實驗都要求在通風櫥內進行，這固然是保證室內空氣質量、保護分析人員健康安全的有效辦法，但也直接污染了環(huán)境空氣。實驗室廢氣包括酸霧、甲醛、苯系物、各種等常見污染物和蒸汽、等較少遇到的污染物。

 檢測過程對可能出現的假陽性和假陰性進行質量控制，除了檢測商品試劑盒所提供陽性和陰性對照外，每次臨床樣本檢測時，至少應當有1份弱陽性和3份陰性質控樣本（多份陰性質控樣本設置對實驗室“污染”所致假陽性的監(jiān)控更為有效），隨機放在所檢測標本的中間。弱陽性質控樣本可為檢測陽性的滅活稀釋后保存的臨床樣本、滅活病毒或假病毒顆粒等，如所采用的商品化試劑盒有“內標”控制假陰性，或弱陽性質控樣本來源困難，可暫不設弱陽性質控。陰性質控樣本采用標本采集管內溶液即可。質控樣本應與臨床標本同等對待，參與樣本核酸提取和擴增檢測全過程。

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