原位雜交試驗(yàn)

收集斑馬魚(yú)的胚胎，在Holfretor水中培養(yǎng)，到達(dá)所需要的發(fā)育時(shí)期時(shí)，用蛋白酶去除卵膜，用4%多聚甲醛固定，在4℃保存，二十四小時(shí)后用50%甲6醇2%多聚甲醛溶液洗，然后換成甲9醇，在-20C 保存，待用(兩天和兩天以上的胚胎需要用雙氧6水處理，去除色素?；蛘呤褂帽斤畴逑∪芤号囵B(yǎng)，可阻斷色素的形成)

雜交液中的陽(yáng)離子濃度通過(guò)靜電排斥作用影響了雜交體之間的鏈穩(wěn)定性，較高的鹽濃度將增加雜交體的穩(wěn)定性。大于0.4M的Na離子濃度，對(duì)Tm值、雙鏈復(fù)性速率的影響不大，但隨著Na離子濃度的降低，將顯著影響Tm值和雙鏈復(fù)性速率。

有2機(jī)溶2劑（甲酰胺）的作用是降低DNA-DNA和DNA-RNA等雙鏈體的解鏈溫度。通常DNA需要在0.1~0.2M Na 90~100℃的條件下變性，那么應(yīng)用于原位雜交，樣品必須在65~75℃的條件下進(jìn)行長(zhǎng)時(shí)間變性，這將導(dǎo)致樣品形態(tài)學(xué)的破壞。50%甲酰胺的應(yīng)用能將雜交溫度降至30~45℃。

硫酸葡聚糖具有很強(qiáng)的水合性，高濃度的硫酸葡聚糖會(huì)使得核酸分子無(wú)法獲得周邊親水環(huán)境，增加了探針濃度，加快雜交反應(yīng)速率。

使用分支DNA信號(hào)擴(kuò)增的RNA FISH

Invitrogen? ViewRNA?和PrimeFlow?檢測(cè)是使用分支DNA信號(hào)擴(kuò)增 (bDNA) 來(lái)檢測(cè)特異性信號(hào)的直接熒光RNA ISH方法。 使用獨(dú)立但兼容的信號(hào)擴(kuò)增系統(tǒng)讓RNA靶標(biāo)的多重復(fù)用成為可能。 熒光RNA原位雜交檢測(cè)分為四個(gè)主要步驟：樣本制備、靶標(biāo)雜交、信號(hào)擴(kuò)增以及檢測(cè)。 該方法可實(shí)現(xiàn)更高的特異性，更低的背景值和更高的信噪比。

在條件都得到滿足的情況下，雜交的成敗就取決于保溫時(shí)間。時(shí)間短了，雜交反應(yīng)不完成；時(shí)間長(zhǎng)了也無(wú)益，會(huì)引起非特異結(jié)合增多。一般雜交反應(yīng)要進(jìn)行20h左右。1966年Britten和Kohne推薦用Cot =值來(lái)計(jì)算雜交反應(yīng)時(shí)間。Cot 值實(shí)際上是雜交液中單鏈起始濃度（Co）和 反應(yīng)時(shí)間（t）的乘積。實(shí)驗(yàn)表明Cot =100時(shí)，雜交反應(yīng)基本完成。Cot=0，基本上沒(méi)有雜交。例如在液相雜交中未標(biāo)記的DNA 400μg/ml（按單股DNA每微克 紫外吸收值為0.024計(jì)算，總的吸收值為 9.6），如果反應(yīng)時(shí)間為21h，那么對(duì)于未標(biāo)記的DNA來(lái)說(shuō)，Cot =9.6/21 =100.8,，雜交完成了。對(duì)標(biāo)記DN A（濃度為0.1μg/ml）來(lái)說(shuō)Cot值為0.05，這就充分排除了標(biāo)記DNA的自我復(fù)性。Tm值25℃時(shí)雜交zui佳，所以首先要根據(jù)公式（4）計(jì)算雜交體Tm 值。由此式可見(jiàn)，通過(guò)調(diào)節(jié)鹽濃度、甲酰胺濃度和雜交溫度來(lái)控制所需的嚴(yán)格性。